В связи с этим их научная деятельность нередко ограничивалась только магистерскими и докторскими диссертациями, в то время как русская богословская наука нуждалась в переводах святоотеческих творений, комментариях на Священное Писание, капитальных трудах в различных областях богословия. Подобные учреждения, которые занимались «строго учёными трудами, изысканиями и изданиями», существовали при университетах. А.Л. Катанский предложил конкретный способ разрешения проблемы: оставлять при академиях отставных профессоров, крупных специалистов в своих областях. За особую плату помимо полагавшейся им пенсии «такие лица, будучи свободны от педагогических занятий и служебной профессорской деятельности, но в то же время состоя в среде академической, пользуясь богатствами академических книгохранилищ и органами академической печати, могли бы быть достойными представителями высших интересов богословско-философского знания и работниками на пользу этих интересов». Большое внимание А.Л. Катанский уделял положению не только высшего богословского, но и народного образования; предложил духовенству сообщать о своей деятельности на этом поприще. Именно эта публикация послужила толчком для появления в региональных «Епархиальных ведомостях» статей, написанных священнослужителями, которые активно занимались просвещением в церковноприходских школах (к данной проблеме А.Л. Катанский обращался неоднократно). После издания синодального перевода Библии в 1876 г. в церковной среде стали раздаваться голоса, призывающие запретить распространение книг Священного Писания на русском языке, т.к. это якобы приводит к росту сектантства среди простого народа. А.Л. Катанский предложил наряду с русским переводом Священного Писания распространять и славянский текст, а также приступить к изданию одобренных Синодом толкований на книги Священнные Писания. В передовых статьях А.Л. Катанский не выступал сторонником реформ в сферах богословия и церковно-общественной мысли, но его трактовки некоторых вопросов отличались от распространённых. Так, А.Л. Катанский считал, что ко второй половине XIX в. Синод окончательно превратился в бюрократическую структуру, права и полномочия духовных членов которой существенно ограничены. Вместе с тем для ситуации, сложившейся в Русской церкви к началу XVIII в., А.Л. Катанский видел в учреждении Синода большую пользу. В статье «Святейший Синод в первые годы своего существования (ко дню открытия Святейшего Синода 14 февраля 1721 г.)» он писал, что реформаторская деятельность императора Петра I в церковной сфере привела к противостоянию Сената и церковных властей. По мысли А.Л. Катанского, после учреждения Сената (1711 г.) последний с каждым годом всё больше и больше вмешивался в церковные дела. Власть патриаршего местоблюстителя митрополита Стефана (Яворского) становилась иллюзорной. Многие сугубо церковные дела, например, такие, как поставления епископов, не могли быть решены без соответствующих указаний Сената. Поэтому создание в 1721 г. Синода стало, как полагал А.Л. Катанский, настоящим благом для Русской церкви. Со времени основания Синод добивался юридического равноправия с Сенатом. «В первые годы своего существования Священный Синод, при полном содействии Петра Великого, – который (нужно отдать ему в том справедливость!) почти во всём и всегда поддерживал его в борьбе с Сенатом, – старался по возможности примирить непримиримое: свои патриаршие права и древнерусские формы церковной жизни с новыми формами преобразованной гражданской жизни».