После 1884 г., когда, согласно новому академическому уставу, догматическое богословие стало общеобязательным предметом, под руководством А.Л. Катанского была написана только одна магистерская дисссертация: Евгений Петрович Аквилонов «Церковь: Научные определения Церкви и апостольское учение о ней, как о Теле Христовом» (СПб., 1894 г.). Эта работа, несмотря на успешную защиту в академии, не была одобрена Синодом. В 1899 г. автор, уже будучи священником, успешно представил её в переработанном и исправленном виде под названием «Новозаветное учение о Церкви: Опыт догматико-экзегетического исследования». Учеником А.Л. Катанского исследователи называют и патриарха Сергия (Страгородского), который, будучи студентом Санкт-Петербургской духовной академии, написал под руководством профессора кандидатскую диссертацию «Православное учение о вере и добрых делах», позднее переработанную в магистерскую диссертацию «Православное учение о спасении» (Сергиев Посад, 1895 г.). Работы протоиерея Е.П. Аквилонова и патриарха Сергия стали знаменательными событиями в истории русского богословия. В период академической службы помимо чтения лекций у А.Л. Катанского были и другие обязанности. Так, в Московской духовной академии с 1866 г. он занимал должность помощника инспектора, в Санкт-Петербургской духовной академии с 1869 по 1877 гг. состоял членом совета от богословского отделения. С 6 октября 1877 г. вплоть до принятия нового академического устава в 1884 г. был помощником ректора по богословскому отделению. С 1884 по 1896 гг. состоял членом Правления академии. В 1893–1894 гг. временно исполнял обязанности инспектора Санкт-Петербургской духовной академии. В 1896 г. А.Л. Катанский оставил академическую службу в звании заслуженного ординарного профессора (с 1888 г.), подготовив себе преемника по кафедре догматического богословия в Санкт-Петербургской духовной академии профессора протоиерея Петра Ивановича Лепорского. Он планировал покинуть академию в 1895 г., но, по мнению современников, его уход задержали первоначальная неудача Е.П. Аквилонова и желание проконтролировать его работу. А.Л. Катанский был активным и деятельным членом многих научно-церковных обществ и комиссий. С 1868 г. – действительный член Филологического общества при Санкт-Петербургском университете, с 1872 по 1875 гг. – член Общества любителей духовного просвещения при Санкт-Петербургском отделе, с 1892 г. – член комиссии для предварительного выяснения условий и требований, которые могли бы быть положены в основу переговоров о соединении старокатоликов с Русской православной церковью. По итогам участия в последней комиссии в академическом журнале была опубликована статья «Об исхождении Святого Духа: По поводу старокатолического вопроса» (1893 г.). Многочисленные научно-литературные труды А.Л. Катанского исследователи делят на несколько категорий: по литургике, по церковной археологии, по церковной истории, по догматическому богословию и сочинения публицистического характера. В 1868 г. в академическом журнале «Христианское чтение» был опубликован «Очерк истории литургии нашей православной Церкви» А.Л. Катанского, в 1869–1870 гг. – «Очерк истории древних национальных литургий запада».