Рационализм сознания произвёл и другие догматические отличия католической церкви: учение о самоценности внешних дел для спасения, о сверхдолжных делах и о чистилище, формальное понимание единства земной церкви, признание главой церкви папы вместо Христа, превращение его в светского или «полудуховного» правителя и распространение его владычества на всех правителей Запада при «сопроницании церковности и светскости» – от этого возникала борьба духовной и светской властей и их партий в обществе и государстве, чем каждая из властей постепенно подрывала авторитет другой в общем мнении. Правомочие папы вводить догматы вероучения, а затем и провозглашение его непогрешимости создали ещё большее раздвоение в устройстве католической церкви. Римско-христианское исповедание есть, в представлении И.В. Киреевского, раздвоенное в самом корне воззрение на соотношение веры и разума, отвлечённо понимающее сверхразумность первой, но лишившее себя опоры на авторитет Предания в вопросах веры и оставшееся потому с одним внешним (рациональным и административным) авторитетом, который находится в отвлечённом отношении к развитию естественного разума в науке и нравах. Вследствие рационализма здесь бытует нецельное понятие о разуме и о цельности христианской жизни. Латинство есть для И.В. Киреевского отвлечённо-фидеистическое уклонение рассудочной мысли в христианском мире. В силу этого между «живою наукою мира и формальною верою Рима лежала пропасть»; прыжок через эту пропасть не всегда совместим с совестным убеждением христианина. Избежать его можно было, только отбросив или радикально изменив одну из сторон пропасти. Поэтому для спасения верующего от ослепления или безверия Реформация была необходима. Она возникла из духовного начала, которое сама католическая церковь заложила в себе как «неминуемое семя Реформации». Обратившись к сопоставлению деяний Соборов Западной церкви, первые реформаторы нашли в них противоречия и отвергли Предание как источник вероучения. Такими источниками остались для них Писание и личная вера христианина, освобождённая от цензуры латинской иерархии. Это, по мысли И.В. Киреевского, реабилитировало естественный разум. Реформация спасла народы «от умственного угнетения Рима», способствовала развитию их просвещения, возвратила человеку достоинство разумного существа. Священное право свободного развития ума в науках и жизни было признано безусловным. Но буква Писания и личное убеждение веры как основания мышления о вере оставляли разумное толкование почти без «руководства»: уже между первыми протестантами возникли разногласия в самых существенных вопросах вероучения. Протестанты приняли решение всецело основываться на внутреннем авторитете веры, как они его понимали: «Вместо одного внешнего авторитета, равно обязательного для всех, основанием веры сделалось личное убеждение каждого». В таком случае смысл Священного Писания оказывался иным в понимании каждого толкователя; всеобщие же критерии суждения и оценки, необходимые для общения мыслящих в истине, возможно, было черпать только в естественном разуме человека. Новая христианская философия могла основываться теперь только на учении об этом общечеловеческом логическом и нравственном смысле, и любовь к истине христианства заставляла «искать философии рациональной», которая развивалась в протестантских странах в виде логического рационализма у германских и сенсуализма у романских народов Европы.