Для осмотра композиции «Евхаристия» были разобраны верхние ярусы четырёхъярусного иконостаса (1718 г.) и под руководством профессора Адриана Викторовича Прахова отреставрированы древние фрески на предалтарных столпах. 4 декабря 1888 г. отремонтированный собор был освящён. К концу XIX в. над посеребренными царскими вратами Михайловского собора находилась икона Успения Пресвятой Богородицы в сребропозлащённой ризе, украшенной 158 бриллиантами. Этот образ в 1860 г. пожертвовала в обитель киевлянка Львова. Среди других чтимых икон в иконостасе были образ архангела Михаила (пожалован в 1817 г. императором Александром I) в ризе «из чистого золота в виде триумфальной арки» с 2280 бриллиантами, 301 алмазом и проч.; икона Николая Чудотворца в серебряной ризе и митре (пожертвована князем Д.Л. Волконским). В соборе также почитались Новодворская икона Божьей Матери в сребропозлащённой ризе и венцах, перед которой по субботам читался акафист. В 1713–1715 гг., при игумене Иоанникии (Сенютовиче), в Киевском Златоверхом монастыре была возведена (отчасти на монастырские средства, отчасти на пожертвования) каменная трапезная с церковь во имя апостола Иоанна Богослова. В 1848 г. купол был покрыт железом и позолочен; в 1888 и 1893 гг. храм отремонтирован. В 1785 г. Киевский митрополит Самуил (Миславский) при деревянных кельях устроил церковь во имя Николая Чудотворца (в 1832 г. перестроена). По инициативе епископа Чигиринского Аполлинария (Вигилянского) при каменном настоятельском корпусе была устроена и 7 октября 1856 г. освящена одноимённая крестовая церковь. В 1884 г. храм был перестроен и расширен, освящён придел в честь Преображения Господня. В среднее алтарное окно храма была вставлена ростовая икона Николая Чудотворца, «мозаической работы из стёкол, расписанных разноцветными красками». В 1852–1858 гг. по инициативе епископа Аполлинария (Вигилянского) была построена двухэтажная странноприимница с каменной двухъярусной церковью в честь Смоленской иконы Божьей Матери «Одигитрия». Кипарисовые престол и жертвенник были привезены из Иерусалима. При игумене Варлааме (Леницком) московским мастером Иваном Матвеевичем была возведена кирпичная трёхъярусная колокольня (1716–1720 гг.; в 1850 г. верх колокольни покрыт позолотой). К 1898 г. на ней находилось 12 колоколов. На первом ярусе располагались св. ворота, кельи, иконно-книжная лавка. В середине XVIII в. в Киевском Златоверхом монастыре была выстроена каменная ограда. В начале 1780 гг. были построены каменные братские кельи, в 1800–1804 гг. – объединённые общей крышей (так называемое Варваринское отделение) просфорня и настоятельская кухня. В 1820 гг. в Киевском Златоверхом монастыре были возведены экономический и регентский корпуса, келарская палата, в 1830 гг. – просфорня, а также перестроена монастырская ограда, которая, как и трапезный храм, расписана фресками. В 1852–1856 гг. (по другим сведениям – в 1849–1852 гг.) по инициативе епископа Чигиринского Аполлинария (Вигилянского) были построены западный полутораэтажный келейный корпус (Михайловское отделение), каменный (вместо деревянного) настоятельский корпус с Никольской церковью; в 1857–1858 гг. на месте деревянной возвели двухэтажную каменную гостиницу, к которой в 1883–1884 гг. был пристроен трёхэтажный корпус.