При игумене Филофее (Казаревиче; ум. в 1645 г.) на средства Киевской митрополии и благодаря денежной «милости» царя МихаилаФёдоровича в обители был проведён ряд реставрационных и строительных работ. По инициативе и на средства митрополита Иова (Борецкого) началось возведение колокольни, которую строил «каменщик Петро Нимец, обиватель киевский». После смерти митрополита Иова (Борецкого) на митрополичью кафедру был избран при активной поддержке казачества Исаия (Копинский). 29 октября 1631 г. духовенство, собравшееся в обители, утвердило Киевским митрополитом Исаию (Копинского), а Киевский Златоверхий монастырь стал его резиденцией. После поставления на Киевскую кафедру Петра (Могилы) митрополит Исаия (Копинский) отказался покинуть Киевский Златоверхий монастырь. Сторонники новопоставленного митрополита силой выдворили митрополита Исаию (Копинского) из обители. При Киевском митрополите Петре (Могиле) резиденция была перенесена в Софийский собор. Одновременно Киевский Златоверхий монастырь вошёл в состав Софийской слободы Верхнего Киева, управление которой осуществлялось непосредственно митрополитом Петром (Могилой) и его преемниками. С этого времени настоятелями Киевского Златоверхого монастыря несколько раз становились игумены других киевских обителей, чаще всего Братского монастыря, например, в XVII в. Иосиф (Кононович-Горбацкий; сподвижник митрополита Петра (Могилы), один из душеприказчиков его завещания; возглавлял монастырь в 1646–1650 гг.; ум. в 1651 г.), Варлаам (Ясинский), Мелетий (Дзик) и Сильвестр (Головчич), в XVIII в. Амвросий (Дубневич; ум. в 1750 г.), Сильвестр (Думницкий) и дважды – Варлаам (Миславский). На территории Киевского Златоверхого монастыря находился митрополичий сад. В 1653 г., во время поездки в Москву на богомолье, в Киевский Златоверхий монастырь приезжал Антиохийский митрополит Макарий III. По благословению Киевского митрополита Сильвестра (Косова) в Киевском Златоверхом монастыре он получил частицу мощей великомученицы Варвары. В 1654 г. братия Киевского Златоверхого монастыря признала власть русского царя Алексея Михайловича. Несмотря на противодействие митрополита Сильвестра (Косова), тайного униата и сторонника польского короля Яна II Казимира, московские воеводы построили новый острог на территории Верзнего Киева. Внутри укреплений оказалась часть территории Киевского Златоверхого монастыря. В 1654 г. близкий к митрополиту игумен Феодосий (Василевич) в своём челобитье просил царя Алексея Михайловича о подтверждении обители её прежних пожалований. Но в том же году настоятель Киевского Златоверхого монастыря бежал из города в Литовское великое княжество, где под опекой магнатов Радзивиллов стал архимандритом в слуцком Троицком монастыре. В 1655 г. вместо него настоятелем Киевского Златоверхого монастыря стал Феодосий (Сафонович; ум. в 1672 г.). В возникавших время от времени конфликтах игумен Феодосий, как и ряд других настоятелей, выступал обычно вместе с киево-печерским архимандритом Иннокентием (Гизелем). Однако в позиции игумена Феодосия были и свои особенности. Лояльный по отношению к русским властям, что позднее нашло отражение в написанной им «Хронике», тем не менее, он не ездил в Москву и не направлял туда посольств. Лишь летом 1665 г. в Киевский Златоверхий монастырь наряду с другими киевскими обителями была послана царская «милостыня».