При покровительстве турово-пинских князей Святополчичей монастырь действовал, по крайней мере, вплоть до конца XII в. В синодике Киевского Златоверхого монастыря читалась вечная память великому князю Святополку Изяславичу, его родителям и их «сродникы». 8–10 марта 1169 г. и 2 января 1202 г., во время захвата Киева войсками русских князей и союзных им половцев, были разграблены «манастыри все» («Полное собрание русских летописей», том 1, том 2). По мнению исследователей, одной из пострадавших обителей был и Киевский Златоверхий монастырь. Согласно результатам археологических исследований, предположительно в последней четверти XII в. в 30 м к северу от Михайловского собора вместо деревянных были построены из плинфы ворота с надвратной церковью, крыша которой была покрыта свинцом. Церковь украшали фрески. По мнению исследователей, «каменные ворота с надвратной церковью могли появиться в этой части города в связи со строительством или функционированием в северо-восточной части Михайловской горы Нового двора, упомянутого в летописи под 1194 и 1197 гг. Каменные ворота могли служить парадным въездом на территорию княжеского Нового двора со стороны монастыря». В 1190 г. в Михайловском соборе был погребён князь Святополк Юрьевич, а в 1195 г. – его младший брат Глеб Юрьевич, тело которого для захоронения специально привезли из Турова в Киев («Полное собрание русских летописей», том 2). 3 мая 1230 г. здание надвратной церкви пострадало во время землетрясения. В связи с этим в нём были проведены реставрационные работы, и поновлены фрески. Между тем 6 апреля 1231 г. игумен обители не упоминается среди наиболее видных настоятелей киевских монастырей, участвовавших во главе с печерским архимандритом Акиндином в поставлении на Ростовскую кафедру епископа Кирилла I («Полное собрание русских летописей», том 1, том 2). Согласно Лаврентьевской летописи 1377 г. (свод 1305 г.), во время штурма Киева монголы и их союзники «святую Софью разграбиша, и манастыри все, и иконы, и кресты честныя, и взя оузорочья церковная взяша, а люди от мала и до велика вся убиша мечем» («Полное собрание русских летописей», том 1, том 2). Разорение монголами Киевского Златоверхого монастыря произошло в самом конце обороны города, т.е. в начале декабря 1240 г. Укрывавшиеся на его территории жители Киева успели зарыть в монастыре богатые клады. Частично пострадали иконостас, фрески и мозаики Михайловского собора, в алтаре которого во время сильного мороза захватчики разожгли костёр. По мнению исследователей, тогда же монголами была уничтожена круглая лестничная башня Киевского Златоверхого монастыря, внутри которой нет вещей, бытовавших в середине XIII – начале XVII вв. Некоторое время захватчики жили в надвратной церкви, которую затем сожгли, из-за чего она разрушилась. Установление ордынского ига (1242–1480 гг.) прервало тесные связи Киева и его обителей с соседними русскими землями. В это время угасают отношения Киевского Златоверхого монастыря с его прежними ктиторами – Святополчичами, которые уже не могли восстановить и поддерживать материальное положение обители. В середине XIII – первой половине XIV в. братия на территории Киевского Златоверхого монастыря, как полагают исследователи, не проживала; многие постройки, включая кельи и ремесленные мастерские (ювелирное, стеклодувное и керамическое производство), были уничтожены во время пожара 1240 г. и не восстанавливались.