Но употребление этого названия было, как полагают исследователи, следствием механического перенесения целых фраз из прошения о защите студентов от городского суда, которое было направлено в Москву могилянской корпорацией и Киевским митрополитом. Грамота 1701 г. лишь частично гарантировала учебному заведению статус автономии (от магистрата), чётко регламентировала иерархию подчинения ректора и префекта и их власть над воспитанниками. Если первичная инстанция не справлялась со своими обязанностями, то следовало жаловаться на неё Киевскому митрополиту («первенствующему и полномочному началнику, архимандриту, игумену, ректору и пану», как называли его в одном из документов второй половины XVIII в.), в ведомстве которого находились киевские «латинские школы». Когда же и тот не наводил порядок, то жалобы следовало принимать киевскому воеводе. О других аспектах независимости Киево-Могилянской академии в грамоте ничего не говорится, но известные факты из её истории свидетельствуют об отсутствии полной автономии: профессора назначались только по благословению митрополита, архиерей мог пересматривать содержание курсов, без его воли не менялись академические внутренние правила-инструкции. Даже в ближайшее после издания грамоты время номинирование новоизбранного ректора не могло состояться без согласия гетмана, не говоря уже о подчинении Киево-Могилянской академии с 1720 гг. Синоду и о том, что назначения преподавателей зависели от воли монарха. До 1760 гг. в коллегии грамоту 1701 г. специально не выделяли как особый документ среди остальных привилегий. Специальный упор на термине «академия» в Киеве начинают делать лишь с 1760 гг., когда учебная корпорация коллегии с целью защитить себя от угрозы закрытия стремилась обратить внимание высших церковных и светских властей на особое отношение к академии со стороны монархов. И до 1701 г., и после коллегию называли академией, а в дальнейшем могли одновременно именовать коллегией, латинскими школами и даже, как исключение, университетом (впрочем, университетом коллегию называл ещё французский инженер Гийом Левассёр де Боплан, служивший в Речи Посполитой в 1630–1640 гг.). Обер-секретарь Сената Иван Кириллович Кирилов в сочинении «Цветущее состояние Всероссийского государства» (1727 г.), написанном с использованием сенатских материалов, ни разу не назвал коллегию академией, а только школой и училищем. Регулярное название «академия» закрепилось лишь во второй половине XVIII в., когда была заведена и соответствующая печать. Тем не менее, рубеж XVII и XVIII вв. был важным этапом в истории коллегии, связанным не только с введением в программу богословия, но и с поддержкой школ гетманом И.С. Мазепой, а также со стремлением царя Петра I назначать на епископское служение и другие церковные послушания (в армию и на флот, настоятелями монастырей, учителями епархиальных учебных заведений и др.) учёных монахов, прошедших обучение в коллегии. Такой порядок сохранялся до второй половины XVIII в. 30 апреля 1754 г. вышел указ, по которому при поставлении на важнейшие церковные должности были предоставлены равные возможности малоросским и российским монахам, в то время как раньше преимущество было за первыми; по указу от 17 февраля 1765 г. усложнялся перевод монахов в российские епархии – с этого времени он был возможен только в случае крайней нужды и только с ведома Синода. Но и после выхода этих указов могилянских выпускников среди архиереев и чёрного духовенства было весьма много.