В 1686 г. Киевская митрополия перешла в юрисдикцию патриарха Московского и всея Руси. В том же году Московское государство подписало Вечный мир с Речью Посполитой. Завершение периода военных потрясений привело к стабильности положения школы. Появилась возможность расширить учебную программу. Уже в 1689 г. игумен Иоасаф (Кроковский) впервые начал читать полный курс богословия в коллегии. К этому времени окончательно оформилось внутреннее устройство и процесс обучения в низших, средних и высших классах коллегии. В низших изучали фару (аналогию), инфиму, грамматику и синтаксисму; в средних преподавали пиитику и риторику; в высших – философию (а с 1689 г. – и богословие). Самым важным предметом в программе обучения была латынь. Греческий язык хотя и изучался, но был востребован в гораздо меньшей степени. Во главе коллегии стоял ректор, одновременно являвшийся и игуменом Братского монастыря. До 1689 г. ректор, как правило, читал курс философии, а с 1689 г. – курс богословия. Чаще всего ректор избирался профессорской корпорацией и затем утверждался Киевским митрополитом, который мог испрашивать также согласие гетмана. Ректор осуществлял общее руководство учебным процессом, а также ведал всеми делами монастыря. Он просматривал и одобрял учебные программы и подготовленные профессорами курсы лекций. Кроме того, ректор осуществлял функции «верховного судьи»: рассматривал жалобы, поступавшие на студентов от городских властей и мещан, а также улаживал конфликты между префектом и преподавателями. Префект был вторым лицом в коллегии после ректора, по существу – его заместителем. Он наблюдал за учебным процессом и дисциплиной. Ему принадлежало право определять уровень подготовки юношей, желавших начать учёбу, и зачислять их (в зависимости от уровня знаний) в тот или иной класс. В его ведении находились также бурсы (студенческие общежития) и дома, в которых проживали студенты. Помощниками префекта являлись суперинтенданты из числа преподавателей и так называемые сеньоры из числа студентов, следившие за порядком в бурсах. Преподавательская корпорация пополнялась, прежде всего, за счёт выпускников коллегии. В последней четверти XVII – начале XVIII вв. ректорами Киево-Могилянской коллегии были игумены Феодосий (Гугуревич, 1685/1686 – 1688/1689 гг.), Иоасаф (Кроковский, 1689–1690 и около 1693 – 1697 гг.), Пахомий (Подлузский, 1690–1691 гг.), Кирилл (Филимонович, 1691–1692 гг.) и Прокопий (Калачинский, 1697–1701 гг.). Киево-Могилянская коллегия сохраняла всесословный характер. В XVII в. здесь обучались не только известные церковные деятели, но и практически вся украинская казацкая старшина. Количество студентов в 1640 гг. исчислялось, по мнению исследователей, несколькими сотнями. Однако годы «Хмельниччины» и последовавшей за ними «руины» привели к запустению коллегии. Численность студентов начала расти с 1680 гг. и на рубеже XVII и XVIII вв. составляла около 1 тыс. человек. Ещё при жизни митрополита Петра (Могилы) в коллегии сложилась традиция создания студенческих конгрегаций – объединений, имеющих определённую структуру и обряды посвящения. Главными задачами конгрегаций были наблюдение за моральным обликом их членов и поиск средств для помощи беднейшим из них.