В 1630 г. в Киеве свирепствовала эпидемия моровой язвы. Это заставило ректора Фому Иевлевича временно закрыть школу. Осенью 1630 г. ректор вместе с частью учеников школы выехал из Киева в село Юрьевка (имение Киевского Златоверхого во имя архангела Михаила монастыря), где проживал митрополит Иов (Борецкий). Лишь в январе 1631 г. занятия возобновились, тем не менее, после эпидемии материальное положение школы было тяжёлым. Дальнейшая история школы связана с именем Петра (Могилы), который в 1627 г. стал архимандритом Киево-Печерского монастыря и к этому времени, по мнению исследователей, уже составлявшего план масштабных церковных преобразований, в том числе и реформы системы образования. Стремясь открыть в Печерском монастыре учебное заведение с передовой на то время системой обучения, архимандрит Пётр (Могила) не нашёл, однако, поддержки у митрополита Иова (Борецкого), опасавшегося возможного католического влияния и нежелательной конкуренции Братской школе. В завещании митрополит Иов (ум. в марте 1631 г.) потребовал не открывать в Киеве иные православные школы, кроме Братской: «За наперший и Церкве Божой и всему православному народови Российскому потребнейший пункт в том тестаменте остатное воли моее кладу, абы школы в братстве Киевском для цвичення деток хрестиянских, а нигде индей фундованы были под неблагословением приказую». Тем не менее, после кончины митрополита архимандрит Пётр (Могила) приступил к реализации своего плана. 15 июня 1631 г. во Львове он подписал договор с наставниками Львовской Братской школы Исаией (Трофимовичем-Козловским) и Сильвестром (Косовым) об их переезде в Киев для преподавания в школе Печерского монастыря. Школу было решено разместить в стенах Троицкого больничного монастыря, расположенного на территории Верхней лавры, но пользовавшегося автономией и имевшего своего игумена. Архимандрит Пётр (Могила) приказал перевести старых и больных монахов в другое место, отдав Троицкий монастырь под учебные классы и жилище учеников. Этот план был осуществлён, несмотря на сопротивление насельников Троицкой обители во главе с игуменом Арсением (по приказу архимандрита Петра (Могилы) их высекли и заточили в темницу). Преподавание в новой школе (или «гимназиуме») началось осенью 1631 г. Иеромонах Исаия (Трофимович-Козловский) стал ректором, а монах Сильвестр (Косов) – префектом. В школу было набрано около сотни учеников. Основной упор в преподавании был сделан на изучение латинского и польского языков. Открытие в Киеве ещё одной школы повлекло за собой конфликт между архимандритом Петром (Могилой) и Киевским братством, обвинившим его в нарушении завещания митрополита Иова (Борецкого). Конфликт усиливался и тем, что латино-польским характером Лаврской школы были недовольны киевляне. Воспитанник Братской школы архимандрит Гавриил (Домецкий) писал, что «от неучёных попов и казаков велие было негодование: на што латинское и польское училище заводите, чего у нас дотуду не бывало и спасались?.. Было хотели самого Петра Могилу и учителей до смерти побить: едва их уговорили». Сильвестр (Косов) в сочинении «Exegesis...» («Сказание, или Справа, о школах киевских и винницких»; 1635 г.) писал, что нередко учителя Печерской школы, «исповедавшись, только и ожидали, что ими станут начинять желудки днепровских осетров или же одного огнём, а другого мечом отправят на тот свет».