Запрет на преподавание в коллегии наук, следующих за диалектикой и логикой, был подтверждён и в привилее короля Владислава IV Вазы от 18 марта 1635 г., который разрешил деятельность Киевской школы, но не в академическом статусе. Тем не менее, митрополит Пётр (Могила) продолжал развивать коллегию на прежних началах. Поскольку чтение полноценного богословского курса в Киеве было запрещено, выпускники коллегии для получения высшего богословского образования вынуждены были отправляться в католические учебные заведения Короны Польской, а иногда и других стран. До конца 1680 гг. православные студенты в Польско-Литовском государстве могли изучать богословие лишь в его католическом варианте. Это стало одним из факторов, обусловивших глубокое проникновение латинской схоластики в православную церковную науку. Исследователи полагают, что первоначально школа располагалась в доме, подаренном братству Галшкой Гулевичевной, однако местоположение этого здания точно не установлено. Некоторые исследователи отождествляли его со зданием, которое впоследствии использовалось как поварня Братской обители. Но археологические исследования показали, что это строение было возведено лишь на рубеже XVII и XVIII вв. В 1630 гг., после объединения двух школ, в Братском монастыре была построена церковь во имя князей Бориса и Глеба с трапезной. Исследователи полагают, что в том же здании располагались и учебные аудитории. Среди прочего, митрополит Пётр (Могила) завещал Братскому монастырю несколько сёл, вотчин, домов и дворов, серебряную посуду, принадлежавшую его семье, митрополичье облачение и митру, украшенные фамильными драгоценностями, серебряный крест, саккос и свою библиотеку, состоявшую из 2131 книги. Коллегию он называл единственным подлинным приобретением за всю свою жизнь и просил исполнителей своего завещания сохранить её на вечные времена. Вскоре после смерти митрополита Петра (Могилы) началась казацкая война под предводительством Богдана Михайловича Хмельницкого. Военные события отразились и на состоянии Киево-Могилянской коллегии. Так, летом 1651 г., во время вступления в Киев войск литовского гетмана Яна Радзивилла, Братский монастырь и Киево-Могилянская коллегия были разграблены. В результате подписания Переяславского договора (1654 г.) Киев стал пограничным городом и в течение нескольких последующих десятилетий находился под постоянной угрозой разорения. В 1658 г. здания коллегии пострадали от пожара. В результате конфискаций земель, принадлежавших Братской обители на территории Речи Посполитой, материальное обеспечение коллегии ещё больше ухудшилось. Возрождению коллегии способствовало назначение её ректором в 1658 г. игумена Иоанникия (Галятовского (Голятовского)), которое состоялось при содействии Черниговского епископа Лазаря (Барановича) и киевского полковника Василия Фёдоровича Дворецкого. Бывший выпускник Киево-Могилянской коллегии, в 1657–1658 г. преподававший в ней риторику, игумен Иоанникий (Галятовский) занялся ликвидацией последствий пожара, в котором сгорели монастырские и училищные корпуса.