Вступая в конгрегацию, студенты давали клятву поддерживать коллегию до конца своих дней. Поэтому многие выпускники, заняв важные церковные и государственные должности, оказывали своей alma mater материальную помощь, а также всячески защищали её интересы. Митрополит Пётр (Могила), возводя в епископский сан выпускников коллегии, также мог брать с них обещание заботиться о Киевской школе. Например, Сильвестр (Косов) обещал «училищам брацким киевским, обители святой Богоявленской, и братиям в ных в учении труждающимся, идеже сам учихся и учих по силе… быти помощник и заступник вседушно всеми силами, елика мощно будет». В XVII в. в коллегии сложились и другие традиции. Так, здесь регулярно проводились публичные диспуты и устраивались театральные представления, сценарии для которых писали профессора, а в качестве актёров выступали студенты. Во второй половине XVII в. академические здания неоднократно разорялись и восстанавливались. К постройкам, имевшимся при жизни митрополита Петра (Могилы), в конце XVII в. добавился Богоявленский собор, возведённый в 1693–1696 гг. при материальной поддержке гетмана Ивана Степановича Мазепы. Появившиеся тогда же планы строительства новых учебных корпусов были реализованы позднее. Во второй половине XVII в. главной святыней Братской обители стала Киево-Братская иконы Божьей Матери. Впоследствии в коллегии сложилась традиция еженедельно читать акафисты перед этой иконой. В 1693 г. в Москву отправилась депутация во главе с ректором коллегии игуменом Иоасафом (Кроковским). При поддержке Киевского митрополита Варлаама (Ясинского) и гетмана И.С. Мазепы цари Пётр и Иван Алексеевичи выдали игумену Иоасафу две грамоты (11 января 1694 г.). Первая из них утвердила за Братским монастырём все его имения. Вторая предоставила коллегии право преподавать богословие, принимать на обучение детей всех сословий и подтвердила за коллегией право на внутреннюю автономию. Таким образом, коллегия получила частичное подтверждение университетских прав. Но право на внутреннее самоуправление не уберегло коллегию от конфликтов с властями Киева. Устраивая в городе беспорядки, студенты отказывались отвечать перед магистратским судом, и мещане направляли жалобы в Москву. Всё это заставило митрополита Варлаама (Ясинского) обратиться к царю Петру I с просьбой ещё раз подтвердить автономные права коллегии. Одновременно в Москву с аналогичной просьбой обратился и гетман И.С. Мазепа. Митрополит Варлаам (Ясинский) просил митрополита Стефана (Яворского) способствовать положительному решению вопроса. Воспитанник коллегии митрополит Стефан (Яворский) лично попросил об этом царя, и 26 сентября 1701 г. Пётр I издал грамоту, в которой Киевская школа была названа академией. Однако в перечне её прав содержались, в основном, лишь те привилегии, которые уже были оговорены в 1694 г. В историографии XIX – начала ХХ вв. издание Петром I грамоты в 1701 г. рассматривалось как поворотный момент в жизни коллегии. Исследователи акцентировали внимание на том, что грамота установила независимый от магистрата юридический статус киевских школ, предписала «ратным людям» разных полков, а также казакам и мещанам профессорам и спудеям «обид и утеснения не чинить». Также подчёркивалось, что грамота даровала коллегии новый статус – статус академии.