Витигес начал вести с Юстинианом I переговоры о мире на приемлемых для обеих сторон условиях. Дни Остготского государства были сочтены, но Кассиодор (так же как и Витигес) надеялся на то, что достижение компромиссного мира ещё возможно. Однако после ряда военных неудач отношение Витигеса к знатным римлянам, состоявшим на службе в Остготском государстве, резко изменилось: последовали жестокие гонения, и многие сенаторы были убиты. По мнению исследователей, протестуя против таких действий и видя, как надежды на мир между римлянами и готами рушились, Кассиодор в конце 537 – начале 538 гг. был вынужден оставить пост префекта претория, на который Велисарий с согласия Юстиниана I уже назначил нового человека – бывшего квестора королевского дворца Фиделия. В сложившихся обстоятельствах Кассиодор был рад сбросить с себя тяжёлое бремя административной ответственности, мешавшее реализации его новых духовных запросов и богословских интересов. Дело в том, что в 538 г., по признанию самого Кассиодора, произошло его «обращение» (conversio) к религиозной жизни. Удалившись от политических дел, он нашёл утешение в изучении Священного Писания. По просьбе папы Вигилия (537–555 гг.) Кассиодор начал составлять своё пространное «Изъяснение псалмов», а также присоединил к двенадцати книгам сборника «Variae» богословско-философский трактат «О душе», закончив его вдохновенной молитвой, в которой воспевал превосходство служения Богу над обладанием государственной властью. После своего обращения и ухода из политики Кассиодор около двух лет оставался в Равенне, где продолжал поддерживать отношения с друзьями и бывшими коллегами. Вероятно, к этому времени исследователи готовы отнести присвоение Кассиодору почётного титула патрикия, хотя этот вопрос остаётся дискуссионным. Между тем Велисарий со своими войсками продолжил победоносное наступление на север и вскоре осадил Равенну, где укрылись остатки готской знати во главе с Витигесом, а уже в мае 540 г. город был сдан. Витигес, Матасунта и пленные знатные готы вместе с королевскими сокровищами были переправлены в Константинополь, где Витигес обратился в православие, получил богатые имения в Малой Азии, сан сенатора и титул патрикия; там он и умер два года спустя. Исследователям точно не известно, где провёл и что делал Кассиодор в первые годы после захвата Равенны Велисарием. Относительно этого существуют несколько гипотез. Согласно первой и общепринятой гипотезе, Кассиодор в том же 540 г. вместе с представителями готской знати был отправлен под охраной в Константинополь, где пробыл до 554 г. По другой гипотезе, Кассиодор оставался в Италии (в Риме или Скилакии) до захвата Рима Тотилой в 546 г., которого Кассиодор рассматривал как узурпатора; и только после этого Кассиодор вместе с многочисленными беженцами, среди которых были его друзья – патрикии Либерий и Флавий Никомах Кетег и папа Вигилий, направился в Константинополь искать защиты у императора Юстиниана I.