Около 511 г. Кассиодору пришлось надолго покинуть королевский двор в Равенне; по мнению исследователей, какое-то время он провёл в Риме, где в 514 г. был избран единственным консулом этого года (consul ordinarius), поскольку консул от Византии не был назначен ввиду восстания полководца Виталиана, угрожавшего захватом столицы. За время своего консульства Кассиодор сумел преодолеть разногласия между римской знатью, клиром и мирянами и уладить «лаврентиевский раскол» в Римской церкви, который длился 16 лет, так что Гормизд был признан всеми новым папой. Кассиодор также преуспел в осуществлении политики Теодориха, направленной на удовлетворение уязвлённого самолюбия римского сената, членам которого были оказаны всяческое уважение и почёт. В Риме Кассиодор также продолжал заниматься литературной деятельностью и собрал немалую библиотеку. Исследователи предполагают, что после этого Кассиодор (как раньше его отец и прадед) был назначен губернатором Бруттия и Лукании, что означало его удаление из Рима на юг Италии (однако для этого предположения недостаточно оснований, так же как и для других гипотез, относящихся ко времени консульства Кассиодора присвоение ему звания патрикия, хотя об этом и говорится в одном авторитетном документе). Так или иначе, Кассиодор продолжал поддерживать связи с королевским двором в Равенне и в 519 г. написал всемирную «Хронику» в честь зятя Теодориха (супруга его дочери Амаласунты), Эйтариха, назначенного вместе с императором Юстином I римским консулом в этом году. Как предполагают исследователи, в это же время Кассиодор по поручению Теодориха приступил к написанию пространной «Истории готов», в которой расточал похвалы этому народу и его правящей династии Амалов. Однако в том же 519 г., когда закончилась акакианская схизма между Римом и Константинополем, которая длилась 35 лет, король Теодорих под давлением готской знати резко изменил свою политику романизации, веротерпимости к православным и сближения с Византией, в которую Кассиодор наряду со своими родственниками Квинтом Аврелием Меммием Симмахом и Аницием Манлием Северином Боэцием внёс весомый вклад своими политическими и литературными трудами. В отличие от них Кассиодор, по мнению исследователей, проявил большую лояльность по отношению к режиму Теодориха; поэтому, когда в 523 г. Боэций, обвинённый перед королём в причастности к политическому заговору, во главе которого стоял сенатор Альбин, и в тайных сношениях с византийским императором Юстином I, был смещён с поста магистра оффиций (magister officiorum – один из высших чиновников) и арестован, на его место был назначен Кассиодор. Прямое участие Кассиодора в устранении Боэция исследователи считают вряд ли возможным, и оно не подтверждается фактами; однако умолчание Кассиодора об этом событии в сборнике «Variae» и других сочинениях бросает на него тень подозрения в личной заинтересованности занять место Боэция. Кассиодор исполнял должность магистра оффиций в течение пяти лет, вплоть до 527 г., и относящиеся к этому времени документы он собрал в пятой, восьмой и девятой книгах сборника «Variae». В этот период Кассиодор помимо своих прямых обязанностей помогал квесторам в составлении официальных документов и, невзирая на лица и должности, вмешивался во всё, следя за строгим соблюдением закона со стороны готской знати.