В целом позицию Кассиана в вопросах научного исследования Нового Завета исследователи характеризуют как просвещённый традиционализм, отличительной характеристикой которого является гармоничное сочетание восприятия новозаветных книг как богословских свидетельств с признанием их исторической достоверности. Эта позиция противостоит как крайностям историко-критических подходов к исследованию Нового Завета, не уделяющим должного внимания специфике его богословского содержания, так и «спиритуализирующим» тенденциям в его изучении. В исагогической области начальной точкой исследования для Кассиана было обращение к Преданию церкви, которое он понимал согласно формуле Викентия Леринского: «…То, во что всюду, всегда и все верили». Эта формула, по мнению Кассиана, принципиально верно передаёт существенный признак Предания, заключающийся в общем согласии церкви. Такое понимание Предания выводит за его пределы множество несогласованных указаний древних авторов и позволяет вычленить в общей массе ранних свидетельств то ядро, с анализа которого должно начинаться исследование обстоятельств возникновения той или иной библейской книги. Само по себе свидетельство Предания не является для учёного заведомо обязательной для усвоения истиной, однако основной принцип человеческого общения, состоящий в изначальном доверии собеседнику, требует внимания к этому свидетельству. Поскольку свидетельство Предания, как правило, отрывочно и отличается фактической скудостью, исследователь вынужден идти путём «исторической дедукции». «Сочетая указания Предания с тем, что ему известно об исторической среде, в которой, по свидетельству Предания, возникло то или иное новозаветное Писание, он старается воспроизвести те требования жизни, которым оно должно было отвечать, а значит, и ту цель, которую должен был ставить перед собою писатель». Однако историческая дедукция в большинстве случаев недостаточна и должна, по суждению Кассиана, восполняться «интуицией» исследователя, т.е. «творческим узрением, осеняющим исследователя при соприкосновении с материалом». Свидетельство Предания, раскрываемое дедуктивно и восполняемое интуицией Писания, для науки есть рабочая гипотеза, которая подлежит проверке. Путь проверки для каждой новозаветной книги есть её толкование, при этом, согласно Кассиану, ввиду связанности между собой отдельных новозаветных книг «историческое исследование Нового Завета должно брать его как единое целое», и гипотезы о происхождении отдельных новозаветных Писаний могут считаться выдержавшими проверку только тогда, когда этой проверке будут подвергнуты все книги Нового Завета. Данный метод исторического исследования новозаветных книг Кассиан называл «церковно-богословским». По его мнению, этот метод «требует от историка, чтобы он был богословом, и от богослова, чтобы он был историком». В том случае, когда несколько толкований оказываются исторически одинаково возможными, православный исследователь, согласно Кассиану, вправе делать выбор по догматическому признаку, т.е. руководствуясь вероучением церкви (например, в вопросе о братьях Господних, в толковании Ин. 14:28).