Кассиан считал возможным историческое согласование Евангелия от Иоанна с синоптическими Евангелиями. Вместе с тем основное его внимание привлекала именно богатая символика этого Евангелия, тщательный анализ которой привёл Кассиана к убеждению, что ею определяется не только богословское содержание, но и построение четвёртого Евангелия. Кассиан допускал различные варианты членения Евангелия от Иоанна, основывающиеся на присутствии в тексте определяющих содержание Евангелия символов – Агнца Божия, света и тьмы, дня и ночи. К ранее предложенным в науке вариантам структурирования Евангелия от Иоанна Кассиан прибавил и свой, который является одним из самых оригинальных его построений. В членении Евангелия от Иоанна Кассиан основывается на стихе 1 Ин. 5:6, в котором говорится о пришествии Иисуса Христа «водою и кровию и Духом». Данный стих Кассиан считает возможным понимать как «догматическую схему, заполняющуюся конкретным содержанием в Евангелии». Эта догматическая схема была сформулирована апостолом и евангелистом Иоанном в полемике с еретиком Керинфом, который учил, что Христос, тождественный Духу, сошёл на человека Иисуса в воде крещения Иоаннова, но оставил Его в Страстях. «В противовес лжеучению апостол утверждает, что Иисус Христос пришёл не только Водою, то есть через явление Его миру в Крещении и свидетельстве Иоанновом, но и Кровью, разумея под Кровью нерасторжимое единство Страстей и Воскресения, и что Дух не есть Христос, но в полном и собственном смысле Свидетель о Христе». В соответствии с этим взглядом Кассиан делит Евангелие от Иоанна на три части, соответствующие триаде «вода-кровь-Дух». Первая охватывает Ин. 1–10 и может быть озаглавлена «Водою», вторая («Кровь») соответствует отрывку 11:1–20:18, третья, названная «Духом», содержит фрагмент 20:19–21:25. С этим планом связана и излюбленная Кассианом идея так называемой Иоанновой пятидесятницы. По мысли Кассиана, который в данном случае отталкивается от толкования на Евангелие от Иоанна Кирилла Александрийского, слова Христа о Его скором возвращении к ученикам, произнесённые в ходе Его прощальной беседы с ними (Ин. 14:18–25; 16:16–22), следует понимать как указание на возвращение Христа в Духе Святом. Соответственно стихи Ин. 20:19–23, повествующие о явлении воскресшего Христа ученикам и о преподании им Духа, должны пониматься в смысле исполнения обетования о даровании Духа-Утешителя (Ин. 14:16–17, 26; 15:26; 16:7–15) и служат в этом Евангелии эквивалентом рассказа о сошествии на апостолов Святого Духа в день Пятидесятницы (Деян. 2). Другая оригинальная идея Кассиана, связанная с построением Евангелия от Иоанна, – понимание отрывка Ин. 1:19–2:22, являющегося продолжением пролога (Ин. 1:1–18), как среза евангельской истории, предваряющего хронологически последовательное повествование о служении Иисуса Христа, начинающееся с Ин. 2:23. При этом Кассиан в противоположность Рудольфу Бультману и другим представителям либеральной западноевропейской науки был убеждённым сторонником целостности Евангелия от Иоанна, включая главу 21, и категорическим противником не обоснованных ни текстологически, ни экзегетически перемещений отдельных его разделов.