Перед смертью Захария завещал обители «кони свои, и с седлом, и со оружием, и стол, и скатерть, и все сосуды домовные» и был погребён «близ чудотворцева гроба». В одном из чудес повествуется, как Кассиан исцелил от болезни игумена Филарета, который хотел повеситься из-за сильной зубной боли. Не раньше 1629 г. Ростовский митрополит Варлаам II представил список чудес Кассиана царю Михаилу Фёдоровичу и патриарху Филарету. Состоялась канонизация Кассиана, были составлены ему «стихиры, тропарь с кондаком и икосом, седальны и канон». По свидетельству Жития Кассиана, в 1686 г. М. Пименов, сын настоятеля московской Успенской церкви «у Сретенских ворот в Печатной слободе», «написал» (видимо, переписал) службу Кассиану и его Житие и подарил в Учемскую пустынь «на поминовение сродникам». К началу XVIII в. погребение Кассиана находилось в приделе во имя Московских святителей Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, который был пристроен к деревянной Успенской церкви, место погребения было отмечено деревянной ракой. В 1711 г. вместо деревянного был выстроен каменный Успенский храм. По мнению исследователей, тогда же в западную стену храма, снаружи, справа от входных дверей, вмонтировали белокаменную надгробную плиту Кассиана с изображением герба: двуглавого орла в окружении двух вазонов с цветами (сообщение о плите имеется только в книге протоиерея П.В. Васильевского – настоятеля Успенской церкви с 1880 гг. до 1927 г.). В 1721 г. на средства иеродиакона Стефана в Успенской церкви над погребением Кассиана установили медную позолоченную раку. На ней хранился деревянный крест-мощевик, по преданию принадлежавший святому; серебряный позолоченный оклад для креста был изготовлен 4 октября 1710 г. также на средства иеродиакона Стефана. По свидетельству протоиерея П.В. Васильевского, в раке преподобного хранилась часть его схимнического облачения, которую возлагали на людей, страдавших головной болью. До начала XX в. в обители существовала деревянная часовня; по преданию, там молился Кассиан. В 1825–1827 гг. в церкви во имя св. Иоанна Предтечи был устроен придел во имя Кассиана. Учемский монастырь был упразднён в 1764 г., монастырские церкви стали приходскими. В 1935 г. храмы закрыли, в 1936 г. постройки монастыря передали Волжскому исправительно-трудовому лагерю. В 1937 г. была взорвана Предтеченская церковь, разобран Святительский придел Успенской церкви. В 1951 г. из-за подтопления берега водами Рыбинского водохранилища Успенский храм рухнул. В 1991 г. местный житель, лесник В.Г. Смирнов, поставил на острове на месте бывшей обители крест, в 1993 г. – часовню. В 1994 г. в селе Учма была освящена деревянная шатровая церковь во имя Кассиана и великомученицы Анастасии. В 1999 г. трудами В.Г. Смирнова в Учме открылся музей «Судьба и характер одного села», экспозиция которого посвящена почитанию Кассиана. В 1998–2002 гг. в Мышкине и Учме прошли пять научно-практических конференций «На земле святого Кассиана», по материалам которых издавались «Учемские сборники». 17–19 июня 2004 г. в Учме, Мышкине и Угличе состоялось празднование 500-летия со дня преставления Кассиана. Имя Кассиана включено в Собор Ростово-Ярославских святых, празднование которому было установлено в 1964 г.