Во главе противников епископа Киприана вскоре встали Фелициссим и пресвитер Новат, который ещё в период отсутствия епископа Киприана побывал в Риме и сообщил о том, что кафедра Карфагена стала вакантной из-за бегства предстоятеля. Новат сблизился с главой партии ревнителей в Риме Новацианом и получил от него епископское рукоположение. Епископ Киприан вернулся в Карфаген в апреле 252 г., а в мае созвал Собор, который отлучил от церкви Фелициссима. По вопросу падших было решено прощать либеллятиков, а прочих принимать как кающихся и только перед смертью полностью примирять с церковью. Собор породил раскол общины Карфагена, т.к. некоторые африканские епископы примкнули к партии Новата. Фелициссим в это же время присоединился к Новату в Риме и выступил с обвинениями против епископа Киприана, встретив сочувствие части столичной общины. Вскоре Новат в Риме рукоположил Фелициссима во епископа. Однако скандальный образ действий этих лидеров раскола заставил Новациана вскоре отмежеваться от них. Вместо Новата он поставил в Карфагене своего епископа Максима. Таким образом, в Карфагене образовались две общины, оппозиционные епископу Киприану, но враждующие и друг с другом. В 252 г. Карфаген затронуло непродолжительное гонение императора Требониана Галла, связанное с отказом христиан принимать участие в государственных молебнах о прекращении чумы. Проконсул Африки Деметриан проводил преследования в Карфагене, но о них исследователям известно крайне мало. Весной 253 г. в Карфагене состоялся Собор, на котором было утверждено правило о крещении младенцев. У епископа Киприана сложились натянутые отношения с Римским епископом Стефаном I. В 254 г. Киприан поддержал испанских епископов Феликса из Эмериты Августы (ныне Мерида) и Сабина из Легиона (ныне Леон), назначенных предшественниками Стефана на кафедры взамен низложенных Василида и Марциала. Епископ Стефан попытался вернуть Василида и Марциала, но столкнулся с сопротивлением испанской паствы и епископа Киприана. Ещё более важный спор между Киприаном и Стефаном возник в том же 254 г. по вопросу о перекрещивании еретиков. Согласно сведениям в посланиях епископа Киприана, в церкви Карфагена сложился обычай не признавать крещения, совершённого еретиками, и принимать их через повторное крещение. В Риме же исходили из мнения о допустимости лишь одного крещения, которое разделялось частью общин и в Африке. В 255 г. на Соборе в Карфагене против епископа Киприана выступил один из мавританских епископов, Квинт, который указывал, что римская традиция древнее и идёт от апостолов. В 256 г. церковь Карфагена продолжала обсуждать этот вопрос, ужесточая свою позицию. Епископ Киприан в полемике опирался в том числе на постановления прежних Карфагенских соборов. Епископ Стефан не только не признал решения Соборов в Карфагене, но и, не вступая в полемику с Киприаном, опубликовал послание ко всем церквам, требуя под страхом отлучения подтвердить римскую практику, идущую от апостола Петра. Эти действия не привели к полному разрыву церковного общения между Римом и Карфагеном, но официальные отношения между ними прекратились.