Затем последовал новый упадок и превращение участка в бедное кладбище. В V в., как полагают исследователи, в ходе внутрицерковной борьбы, многие храмы пострадали или были заброшены. Параллельно в период после 411 г. в Карфагене было построено много мелких «приходских» храмов, которые к концу эпохи вандалов, видимо, уже не управлялись из единого церковного центра; многие из них стали разбирать на стройматериалы. В начале VII в. они были разрушены окончательно. Только одна церковь (так называемая Базилика у супермаркета) была восстановлена в середине VI в., с приходом византийцев. Она известна по раскопкам тунисских археологов (Л. Эннабли в 1969–1971 гг.); южную пристройку изучала экспедиция Мичиганского университета. Это пятинефная базилика (42х15 м) с апсидами на обоих концах и с амвоном посередине северного нефа, типичная для византийского мира. Южная пристройка и базилика связывались помещением баптистерия. Полы главного и боковых нефов покрыты мозаикой. Базилика стояла на месте меньшего храма конца IV в., разрушенного в V в. В пристройке изучены сохранные уровни VII в.: над верхним (пятом по счёту) полом лежит ещё слой около 695 г., но затем функционирование церкви прекращается, хотя здание использовали вплоть до эпохи Фатимидов (начало X в.). Некоторое влияние в позднеантичном Карфагене ещё сохраняли язычники. Так, в 407 г. был издан эдикт об уничтожении в Африке «процветающих языческих храмов». Богатые усадьбы этого времени следуют обычной римские традиции (в том числе в мозаиках), но с эпохи вандалов она быстро уходит в прошлое. Церковная жизнь в Карфагене под властью вандалов не прекратилась, но о строительстве в это время у исследователей нет надёжных данных. С наступлением византийского периода начался новый подъём строительства. При императоре Юстиниане I Великом некоторые храмы расширили вдвое (Дамус-эль-Карита только в середине VI в. достиг своего максимального размера), но расцвет не был продолжительным. До конца VI в. во множестве создавались мозаики. Так, в семейной усыпальнице, открытой в 1951 г. Н. Дювалем, мозаика изображает птиц, рыб и двух павлинов по сторонам сосуда для причастия и точно датирована монетами 587–588 гг.; в её эпитафии есть латинская формула «fidelis in pace» и упоминание некоего «пятого района». Таким образом, в это время церковная жизнь, а также деление Карфагена на церковные районы с архидиаконами во главе сохранялись. В VII в. процветали только усадьбы, а город приходил в упадок; церковная и городская жизнь постепенно угасали после вторжения мусульман, но сохранялись ещё в VIII в. Известные епископы Карфагена: Агриппин (220 гг.), Донат (ум. в 248 г.), священномученик Киприан (249–258 гг.), Фортунат (251 г.; новацианин), Максим (251/252 г.; новацианин), Фелициссим (251/252 г.; новацианин), Карпофор, Лукиан, Кир, Мензурий (до 303–311 гг.), Цецилиан (311 – после 325 гг.), святитель Грат (до 343 – после 349 гг.), святитель Реститут (упоминается в 359 г.), святитель Генефлий (391/392 гг.), святитель Аврелий (391/392 – между 427 и 430 гг.), Майорин (311–312 гг.; донатист), Донат (312–355 гг., изгнан из Карфагена в 348 г.), Пармениан (355–391 гг.; донатист), Примиан (391–393, 394 – около 400 гг.; донатист), Максимиан (393–394 гг.; донатист), святитель Капреол (427/430 – 437 гг.), святитель Кводвультдеус (437–439 гг.), кафедра вакантна (439–454 гг.), святитель Деограций (454–458 гг.), кафедра вакантна (458–481 гг.), святитель Евгений (481–496 гг., изгнан, ум. в 505 г.), кафедра вакантна (496–523 гг.), Бонифаций (523–535 гг.), Репарат (535 – 551/552 гг., низложен, ум. в 561 г.), Примасий (Примос; с 551/552 г.), Публиан (565–589 гг.), Доминик (около 594 – 601 гг.), Виктор (с 635 г.), Стефан (VII в.), Иаков (с 990 г.), Фома (упоминается в 1053 г.), Кириак (до 1073 г. – после 1076 г.).