Отношения папы и императора определялись соглашением 817 г. и «Римской конституцией» («Constitutio Romana», 824 г.). Перед интронизацией избранный папа должен был поклясться в том, что будет соблюдать дружественные отношения с императором, римляне приносили клятву верности понтифику. Император обязывался поддерживать папу и защищать его от врагов, но он не мог вмешиваться во внутренние дела Рима по собственной инициативе. Таким образом, «Римская республика» сохраняла широкую автономию, но Каролинги пытались ограничить её внешнеполитические связи, особенно с Византийской империей. Каролинги могли обеспечить мир и порядок в Италии, защитить папу в случае серьёзных конфликтов. Формирование «Римской республики» привело к тому, что в руках разросшейся папской администрации сосредоточились значительные экономические ресурсы. В источниках регулярно сообщается об аристократических группировках, которые интриговали при папском дворе, устраивали вооружённые беспорядки. Междоусобные конфликты правителей Беневенто, Капуи, Сполето и других городов угрожали безопасности Рима и не позволяли организовать оборону от арабов, разорявших побережье Италии. После того как арабы напали на Рим и разорили богатые пригородные базилики св. Петра и св. Павла, в городе начались восстановление старых стен Аврелиана и сооружение мощных укреплений. В этих условиях Римские папы полагались на военную помощь Каролингов, но распад империи и междоусобицы представителей династии препятствовали этому. Последним правителем из династии Каролингов, который пытался оказать папе военную помощь, был Карл Лысый, но принятые им меры имели преходящий результат. Ослабление династии Каролингов привело к тому, что со времён папы Иоанна VIII Римские понтифики самостоятельно распоряжались императорским титулом, предлагая его подходящим претендентам. Устройство Франкской церкви при Каролингах было коллегиальным, важнейшие вопросы решались на совещаниях, собиравшихся по инициативе правителя, который также брал на себя проведение в жизнь принятых решений. Главенствующую роль в управлении церковью играли архиепископы. Вопросы, связанные с границами юрисдикции архиепископов и правами епископов-суффраганов, становились предметом обсуждения. Такая дискуссия, в частности, была инициирована Реймсским архиепископом Гинкмаром и его суффраганами Ротадом Суасонским и Гинкмаром Ланским, которые отрицали право архиепископа судить и смещать подчинённых ему епископов. Исследователи предполагают, что со спором между Гинкмаром Реймсским и его суффраганами связано появление так называемых Лжеисидоровых декреталий, составители которых защищали право Римского папы вмешиваться в дела митрополитов. Существовавшая в IX в. в ряде франкских диоцезов должность хорепископа впоследствии исчезла. В Лионе хорепископы возглавляли капитулы коллегиальных церквей. В IX в. в управлении диоцезом возросла роль архидиакона, который фактически выполнял функции заместителя епископа. Архидиакон мог проводить визитации церквей, проверять грамотность клириков, управлять диоцезом в период, когда кафедра оставалась вакантной. Архипресвитер (декан), который возглавлял сельские церковные округа, следил за совершением богослужений, состоянием церковных зданий и имущества и т.д.