Решение всех текущих вопросов вероучения и церковной жизни было возложено на систему профильных конгрегаций Римской курии, трибуналов и комиссий. Буллой «Benedictus Deus» (1564 г.) папа Пий IV воспретил несанкционированную интерпретацию решений Тридентского собора. 2 августа того же года motu proprio «Alias nos nonnullas» папа создал комиссию кардиналов, поручив ей давать ответы на поступающие вопросы относительно правоприменения декретов Тридентского собора. Таким образом, было положено начало Конгрегации Собора (Congregatio Cardinalium Concilii Tridentini interpretum), сыгравшей важную роль в формулировании текущего папского законодательства, т.к. за ней были закреплены право аутентичной интерпретации решений Тридентского собора и функция контроля за их реализацией и дисциплиной секулярного духовенства. Декларации и резолюции Конгрегации Собора в XVII–XIX вв. публиковались отдельными сборниками, в том числе по тематическим вопросам; одним из наиболее полных является сборник, составленный С. Палоттини («Collectio omnium conclusionum et resolutionum, que in causis propositis apud S. Congregatio Cardinalium Sacrosancti Concilii Tridentini interpretum prodierunt ab eius institutione anno 1564 ad anno 1860, distinctis titulis alphabetico ordine per materias digesta», 1868–1893 гг.). Основными правовыми институтами, издававшими актуальные нормы канонического права, стали конгрегации Римской курии, структура, состав, цели и задачи которых были определены папой Сикстом V в конституции «Immensa aeterni» (1588 г.). Важную роль играли Конгрегация Римской и вселенской инквизиции (образована в 1588 г. из комиссии кардиналов по вероучительным вопросам – см. ст. Инквизиция), Конгрегация «Индекса» (1571 г.; см. ст. «Индекс запрещённых книг»), Конгрегация Восточной Церкви (первоначально образована в 1573 г. как Конгрегация по делам греков; см. ст. Восточные католические церкви), Конгрегация по делам монашествующих (1586 г.), Конгрегация по учреждению Церквей (1588 г.; впоследствии Констисториальная конгрегация), Конгрегация обрядов (1588 г.). В 1622 г. папой Римским Григорием XV была учреждена Конгрегация пропаганды веры (Propaganda fidei), ведению которой были поручены католические миссии в разных частях света. Акты конгрегаций Римской курии издавались в сборниках, которые являлись источниками канонического права по различным вопросам. 29 июня 1908 г. конституцией «Sapienti consilio» папа Пий Х установил новую структуру Римской курии, разграничив полномочия конгрегаций и упразднив некоторые из них; данная реформа была впоследствии закреплена в «Кодексе канонического права» 1917 г. До XVII в. важным источником канонического права оставались решения Римской Роты, а также появившегося в начале XVI в. трибунала Апостольской сигнатуры. С появлением Конгрегации Собора значимость для актуального католического канонического права судебных решений римских трибуналов по частным делам существенно снизилась, тем не менее, отдельные сборники решений Римской Роты и так называемые частные книги её аудиторов (Libri particulares auditorum) продолжали выпускаться и в XVIII в.