На изображениях собора, сделанных до пристройки к нему трапезной и галерей, заметен пояс, делящий стены собора на два яруса, как в Успенском соборе и его репликах, возникших одновременно с казанским Благовещенским собором (соборы Новодевичьего, Троице-Сергиева монастырей). Исследователи отмечают, что Благовещенский собор в Казани обладает некоторыми особенностями по сравнению с другими «копиями» Успенского собора, созданными во второй половине столетия по заказу царя Ивана IV. Его создатели не сохранили равенства диаметров боковых барабанов образца и сделали западные (в соответствии с шириной пролета) более широкими, чем восточные. Исследователи отмечают, что в соборе монастыря, несмотря на пятиглавие и шестистолпную структуру, некоторые узнаваемые детали московского образца, присутствовавшие в Благовещенском соборе, были утрачены: круглые столбы заменены четырёхгранными. Мастера, строившие Спасо-Преображенский собор, уже не имели отношения к псковской традиции. Они отказались от характерных псковских орнаментальных поясов, украшавших в Благовещенском соборе карнизы центрального барабана и центральной апсиды, но вместе с тем воспроизвели особенности расположения глав Благовещенского собора. Если в конце XVI в. распространение получает симметричное пятиглавие с равными по ширине боковыми барабанами, то в Преображенском соборе Казанского монастыря, как и в казанском Благовещенском соборе, западные барабаны намного шире по диаметру восточных. Собор монастыря унаследовал от образца основные характерные черты композиции фасада, свойственные шестистолпным пятиглавым соборам XVI в., построенным при царе Иване Васильевиче (в том числе отсутствие антаблемента под закомарами). При этом сложившуюся в них иконографию исследователи интерпретируют на основе нового художественного языка. Это провинциальное отражение не столько церкви в Вязёмах, сколько собора Вознесенского монастыря. Двухъярусность подчёркивается различной трактовкой частей лопаток: их нижняя часть гладкая и широкая, а верхняя, над межъярусным поясом, сужена и украшена филёнкой с замкнутым контуром (в виде простой ниши). Присутствие итальянизирующих деталей позволило в своё время Николаю Ивановичу Брунову связать архитектуру Преображенского собора с архитектурой некоторых столичных памятников конца XVI в., воздвигнутых под влиянием московского Архангельского собора. Он также указал на то, что казанский собор «является провинциальным отражением стиля церкви Вязём», а по типологии принадлежит к пятиглавым шестистолпным соборам, генетически связанным с Успенским собором Московского Кремля. Наблюдения Н.И. Брунова исследователи считают очень точными, что позволяет им правильно оценить архитектуру памятника, почти полностью разобранного в советский период.