22 сентября 1918 г. командующий Восточным фронтом Иоаким Иоакимович Вацетис объявил кремль закрытым военным городком, и все церковные и гражданские учреждения, в том числе Казанского монастыря, были выселены или ликвидированы в течение одного дня. К 22 сентября 1918 г. остававшиеся в Казанском монастыре архимандрит Иоасаф (Удалов), Варсонофий (Лузин) и монах Венедикт вместе с сёстрами казанского Богородицкого монастыря смогли перенести в собор Богородицкой обители мощи Варсонофия, икону великомученицы Варвары с частицей мощей и другие наиболее чтимые святыни. Всё остальное было разграблено. До начала 1990 гг.на территории монастыря располагалась воинская часть. Почти все постройки и кладбище были снесены, большая часть территории заасфальтирована. Сохранились только церковь Николая Чудотворца (Ратного) в полуразрушенном состоянии и братский казначейский корпус. С 1993 г. храм реставрируется по проекту архитектора Гульназ Минзахитовны Гаязовой. 31 января 1994 г. постановлением Кабинета министров Республики Татарстан территория монастыря была передана музею-заповеднику «Казанский Кремль». Осенью 1995 г. в ходе археологических раскопок, проведённых музеем-заповедником, на месте монастырской «пещерки» были обнаружены мощи преподобных Ионы и Нектария, митрополита Казанского Ефрема, архиепископа Иерусалимского Епифания. Они были перенесены в казанский кафедральный Петропавловский собор. В Казанском монастыре ко времени составления писцовых книг Казани 1565/1566 – 1567/1568 гг. существовало два храма: соборная церковь в честь Преображения Господня, «деревяна… на каменное дело на подклетех, а под церковью службы для монастырскаго обиходу», и каменная церковь Николая Чудотворца, сменившая построенную в 1550 гг., по мнению исследователей, сразу после взятия Казани, деревянную (Николы Ратного). Кресты с глав деревянной церкви были отнесены в палату рядом с Благовещенским собором, где хранились вместе с пищалями: «...Да два Креста железных, что были у Николы у Ратного у старой церкви». Новая каменная Никольская церковь была трапезной, а соответственно тёплой – «церковь Николы чюдотворца с трапезою каменна, а под церковью просворня, да мукосея, да под трапезою хлебня». Также существовала келарская палата, деревянная, под подклетом, с сенями. Трапезную с церковью Преображения Господня связывали деревянные переходы. Церкви были обустроены на средства Государевой казны и архимандрита с братией.