В монастыре были св. ворота, колокольня, архимандричья келья и 15 братских келий, а также хозяйственные постройки – поварня, погреба и ледники, сушило, житницы и седельная. Текст сообщает о том, что территория монастыря по царской грамоте была расширена. Исследователи полагают, что это прибавление площади предшествовало строительству деревянного соборного храма и каменного трапезного, площадь которого составила к середине 1560 гг. «в длину сорок одну сажень, а поперег дватцать шесть сажен». В 1589 г. первым митрополитом Казанским и Астраханским стал архимандрит Гермоген (впоследствии патриарх Московский и всея Руси). Он благословил и строительство нового каменного соборного храма в монастыре. Деревянная соборная Преображенская церковь просуществовала до осени 1595 г., когда был заложен каменный собор. История его возведения подробно изложена Гермогеном: «Божиим изволением повелевает благочестивый государь... Феодор Иоаннович... в монастыре воздвигнута церковь каменну... И егда начаша рвы копати, тогда гробницы каменный, иже беша над гробы святых... повелеша сняти, заложена бо бе новая церковь болши первая; и егда доидоша до целбоносных гробов... октоврия в 4 день, тогда поведаша мне смиренному» (см. также: «Лета 7104-го октября в 4 день повеле государь... в Преображенском монастыре каменную церковь заложити... и нача ров копати и обретоша честныя мощи...» – «Полное собрание русских летописей», том 31). Таким образом, к началу октября храм уже был заложен. Мощи святых при этом не остались под спудом: «Благочестивый же самодержец и святый патриарх повелеша хранити... мощи на верху земли и у болшия церкви, со южныя страны олтаря, повелеша церковь создати и ту поставити мощи святых... Гуриа и Варсонофиа; еже и бысть». Эти слова «Сказания о обретении мощей» вызвали разные толкования. Архиепископ Григорий Казанский считал, что Фёдор Иванович повелел для мощей преподобных «пристроить на южной стороне начатой в Спасо-Преображенском монастыре большой каменной церкви каменный же придел во имя святителей...». Е.М. Лебедев считал, что с южной стороны была построена временная деревянная церковь. Но исследователи полагают, что в «Сказании...» содержится указание на конкретное место помещения мощей в каменной церкви, которая должна быть построена. По мнению исследователей, слова «повелеша церковь создати» относятся к созданию престола в диаконнике, т.к. после окончания строительства мощи должны были поставить в приделе святителей Гурия и Варсонофия (архиепископ Григорий указывает на устройство придела Гурия и Варсонофия, т.е. праздника обретения мощей, в который память их совершается вместе).