В 1649 г. царь Алексей Михайлович писал нижегородскому таможенному голове: «...Не велено с посылаемых из Спасского монастыря к Москве хлебных и всяких запасов пошлин, головщин и полозоваго брать». С 1699 г. указом царей Ивана и Петра Алексеевичей на имя архимандрита Алексия Казанский монастырь владел перевозом на реке Каме. Со времени основания Казанского монастыря монастырскому хозяйству были дарованы особые права и привилегии. В 1555 г. царь Иван IV выдал архимандриту Варсонофию «несудную» грамоту, подтверждённую в 1621 г. царём Михаилом Фёдоровичем. Грамотой царя Алексея Михайловича 1649 г. повелевалось, чтобы «Митрополиту Казанскому Симеону Преображенскаго монастыря старцов и слуг за ссорою о вотчинной спорной Салманчинской земле ни в каких делах судом и расправою, кроме духовных дел, не ведать». В 1647 г. монастырские крестьяне получили некоторые льготы «в подворных сборах», в 1649 г. освобождались от привлечения по исковым делам, в 1696 г. – от взноса «стрелецкаго хлеба». В начале 1725 г. настоятель Казанского монастыря и судья Казанского архиерейского дома архимандрит Иона (Сальников или Сальникеев) без ведома Синода «сам собою» приписал к Казанскому монастырю казанский во имя Святой Троицы Феодоровский, казанский Кизический в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы и Мусерский монастыри со всеми угодьями, что стало предметом особого судебного разбирательства. Архимандрит Иона перевёл в Казанский монастырь как братию, так и имущество приписных обителей. Но вскоре по инициативе Казанского архиепископа Сильвестра (Холмского) и кизического игумена Иакова самочинно приписанные монастыри были отобраны у Казанского монастыря и приписаны к Казанскому архиерейскому дому. Впоследствии архимандрит Иона по неоднократным обвинениям в лихоимстве и других проступках был судим и расстрижен. В 1740 г. площадь владений монастыря составляла более 7,2 тыс. десятин, в вотчинах монастыря насчитывалось 1606 «ревизских душ». В 1764 г. Казанский монастырь был причислен ко второму классу. В 1855–1900 гг. к монастырю был приписан казанский Троице-Феодоровский монастырь, в 1906 г. – Трёхсвятительский крещено-татарский скит в Лаишевском уезде, в 1911 г. преобразованный в монастырь. Казанский монастырь располагался в административном центре города – в Кремле, в непосредственной близости к архиерейскому дому и воеводским палатам. По масштабам хозяйственной деятельности и строительному размаху Казанский монастырь в епархии уступал только свияжскому в честь Успения Пресвятой Богородицы мужскому монастырю. В 1899 г. Казанский монастырь владел 19 десятинами 246 кв. саженями сенных покосов близ деревень Малые Отары и Победилово Казанского уезда, 6 десятинами 1987 кв. саженями – у деревни Большие Отары Казанского уезда, 183 десятинами 2160 кв. саженями сенных покосов и 45 десятинами пахотной земли при селе Ильинская Пустынь Козмодемьянского уезда, сенными покосами при деревне Кабачище Казанского уезда, лесным участком (103 десятины 840 кв. сажён) у села Красная Горка Казанского уезда, дачей Подсека близ Казани (21 десятина 1360 кв. сажён «удобной» и «неудобной» земли), а также рыбными ловлями «Шалбинские озёра» в Лаишевском и Спасском уездах.