Согласно древнейшей описи библиотеки, содержавшейся в писцовой книге 1567 г., в монастыре имелись кроме богослужебных книг рукописи сочинений преподобных Исаака Сирина, Ефрема Сирина, Григория Богослова, Дионисия Ареопагита, сборники «Златоструй», «Лествица» и др. Несколько раз библиотека горела во время пожаров, к начале XX в. в ней насчитывалось около 400 книг. К началу XX в. в ризнице хранился Устав обители, написанный рукой Варсонофия (не сохранился). К 2012 г. в Отделе рукописей и редких книг научной библиотеки имени Николая Ивановича Лобачевского Казанского университета находились рукописный Синодик монастыря (конец XVII в.), в котором переписан древнейший Синодик, и около 15 монастырских богослужебных печатных книг XVII в. Уже в первые годы существования обители перед алтарём Преображенского собора были похоронены Казанские святители Гурий (ум. в 1563 г.) и Варсонофий (ум. в 1576 г.). 4 октября 1595 г., при строительстве нового собора, могилы святителей были вскрыты, их мощи обретены нетленными. В июне 1630 г. по инициативе Казанского митрополита Матфея мощи святителя Гурия были перенесены в кафедральный Благовещенский собор, а мощи святителя Варсонофия оставались в южном приделе Преображенского собора обители вплоть до её закрытия в XX в. В XVI в. на средства боярина И.Е. Застолбенского у алтаря Преображенского собора была сооружена каменная часовня – «пещерка» («пещёрка»). Изнутри «пещерка» имела каменный свод, дневной свет проникал внутрь через пять узких продолговатых оконцев, забранных железными решётками. Вход в «пещерку» был углублён в землю на четыре ступени. В «пещерке» были погребены: сподвижники архиепископа Гурия преподобные Иона и Нектарий Казанские, архиепископ Иерусалимский Епифаний (ум. в 1606 г.), митрополит Казанский и Свияжский Ефрем (ум. в 1613 г.), настоятели монастыря архимандриты Сергий (XVII в.) и Еремей (XVII в.), проживавший в Макариевской пустыни близ Свияжска греческий митрополит Арсений (ум. в 1706 г.), а также И.Е. Застолбенский (в иночестве Иона) и его сын инок Нектарий. В 2005 г. у алтаря собора было обнаружено надгробие казанского дворянина Гордея Афанасьевича Пальчикова (ум. в 1624 г.). Отряд под его командованием в 1614 г. сумел задержать Марину Мнишек, Ивана Мартыновича Заруцкого и «ворёнка Ивашку». В монастырском храме во имя священномученика Киприана и мученицы Иустины погребены настоятель Казанского монастыря епископ Мелитопольский Кирилл (Наумов). В 1863 г. в южной части монастыря открылось новое небольшое кладбище, захоронения на котором производились только по разрешению архиерея. Здесь похоронены настоятели Казанского монастыря архимандриты Климент (Можаров; ум. в 1863 г.), Варсонофий (ум. в 1912 г.), казначей иеромонаха Ермоген (ум. в 1896 г.), многие генералы, попечители Казанского учебного округа, другие крупные чиновники, купцы, а также профессора, в том числе физиолог Константин Васильевич Ворошилов (ум. в 1899 г.), историк Пётр Васильевич Знаменский (ум. в 1917 г.) и его жена, этнограф Николай Фёдорович Катанов (ум. в 1922 г.) и др. В Казанском монастыре скончался архиепископ Казанский Иона (Павинский). Отпевание архиерея в Преображенском соборе обители совершил в сослужении духовенства Казани епископ Вятский Кирилл (Богословский-Платонов), но погребён архиепископ Иона в казанском Благовещенском соборе.