В XVIII в. число братии сильно сократилось: в 1742 г. проживало всего 26 человек. По штатам 1764 г. монастырю было положено иметь архимандрита-казначея, шесть иеромонахов, четырёх иеродиаконов и пять послушников. В 1768 г. в обители проживало 11 человек, в 1815 г. – шесть монахов и четыре послушника, около 1900 г. – наместник архимандрит Андрей (Ухтомский), казначей Варсонофий (Лебедев), три иеромонаха, три иеродиакона, несколько монахов и послушников. В братии монастыря состояли: Иона и Нектарий, будущие архимандрит Феофан (Александров; в 1817–1832 гг), архиепископ Иннокентий (Ястребов; в 1902–1906 гг.), Гурий (Степанов; в 1906–1912 гг.), архиепископ Варсонофий (Лузин; в 1912–1918 гг.). В XVIII в. в Казанский монастырь отправляли раскольников, провинившихся, больных. Так, в 1758 г. в обитель был сослан пребывавший в «изступлении ума» солдат Иван Сутарихин. Центральное расположение Казанского монастыря способствовало тому, что в XVIII – начале XX вв. в монастыре проживало много мирян: служащие и рабочие архиерейского дома и консистории (истопники, сторожа, квасники, хлебники, гвоздари, повара, конюхи, огородники, кузнецы, столяры, портные, сапожники, солодовники), преподаватели духовных учебных заведений, а после 1898 г. – больше 50 слушателей миссионерских курсов. В 1842–1844 гг. в монастырских постройках располагалась Духовная академия; среди первых её выпускников был Николай Иванович Ильминский. В 1898–1917 гг. Казанский монастырь был местом пребывания Казанских миссионерских курсов. В данном учебном заведении лица со светским средним или с педагогическим образованием за два года получали право стать священниками, готовились к пастырской службе в чувашских, татарских, монгольских (бурятских и калмыцких) приходах. В 1898–1900 гг. на курсах обучался архиепископ Аполлинарий (Кошевой), в 1900–1902 гг. –  Дамаскин (Цедрик), в 1904–1906 гг. – митрополит Нестор (Анисимов), в 1907–1909 гг. – Герман (Коккель), в 1909–1910 гг. – Владимир (Четверин). Игнатий (Лебедев), в 1903–1908 гг. проживавший в Казани и регулярно посещавший Казанский монастырь, вспоминал, что у мощей Варсонофия, как он писал, «пережил лучшие часы и минуты моей жизни, которые не знаю, когда повторятся; службы в сей обители, за которыми я постоянно бывал, – это было воспитание моей души, моя трапеза; при одном воспоминании о них я и сейчас ещё чувствую как бы некоторую духовную сытость, так они напитали меня». Главной святыней Казанского монастыря являлись мощи его основателя св. Варсонофия, которые покоились в Преображенском соборе в серебряной раке под резным позолоченным балдахином. В Казанском монастыре хранились также деревянный посох и вериги святителя. В Варсонофиевском приделе Преображенского собора находилась «очень древняя» запрестольная двусторонняя Тихвниская иконы Божьей Матери с изображением святых Гурия и Варсонофия на обороте. Икона, обложенная чеканным серебряным окладом с украшениями из бирюзы и жемчуга, не сохранилась. Особо почитался образ святителей Гурия, Варсонофия и Германа Казанских, изготовленный после 1630 г. В Никольской церкви находилась храмовая икона Николая Чудотворца (середина XVI в.), в ризнице – плащаница XVI в., три воздуха XVI в. и епитрахиль, принадлежавшая, по преданию, Варсонофию (судьба этих предметов после 1917 г. исследователям неизвестна). В фондах Национального музея Республики Татарстан сохранились происходившие из ризницы 16 серебряных, частью и позолоченных потиров, дискосов и блюд XVII в. с дарственными надписями казанских дворян.