Впоследствии придел был посвящён Варсонофию (как полагают исследователи, после перенесения мощей святителя Гурия в казанский Благовещенский собор в 1630 г.), устроенный в диаконнике, т.е. с южной стороны. О том, когда было окончено строительство Преображенского собора, «Сказание...» не сообщает. В литературе обычно указывается осень 1595 г., причём дата закладки собора приводится в качестве сооружения, но в XIX в., за исключением архиепископа Григория, исследователи стали датировать собор не 1595 г., а 1596-м, что явилось следствием ошибки в переводе летосчисления от сотворения мира в летосчисление от Рождества Христова, т.к. 4 октября 7104 г. – это 1595 г., а не 1596 г. Вслед за осторожным замечанием Е.М. Лебедева о том, что собор был окончен около 1601 г., уже в конце XIX в. появились датировки храма 1601 г. без ссылки на источник. На самом деле время окончания Преображенского собора исследователи определяют временем написания митрополитом Гермогеном «Сказания...», где он сообщает о храме как об уже созданном: «Болшая же церковь боголепнаго Спасова преображения... и прекрасна лепотою устройся о пяти главах, величеством же и красотою малым чим недостаточествует церкви пресвятыя Богородицы, честнаго и славнаго ея одигитрия, иже в девичи монастыре в Новом, близ царствующего града Москвы», и поэтому время строительства храма исследователи определяют в границах сентября-октября 1595–1597 гг. Мнение Е.М. Лебедева, что оно велось на «казенное иждивение», исследователи считают правомерным вследствие ружного содержания обители. Очевидно, что строительство собора не было обременительно для монастыря, т.к. в это время была дана царская грамота на сооружение Богорадного монастыря за счёт Спасского. Соборная церковь – единственная постройка XVI в., облик которой исследователям известен, и единственный шестистолпный храм конца XVI в. По типологической структуре и композиции фасада собор монастыря исследователи относят к сооружениям, созданным по образцу Успенского собора Московского Кремля. Однако подчёркивают, что связь с кремлёвским прототипом опосредованная, поскольку особенности его архитектуры, выделяющие памятник из построек конца XVI в., определены воздействием местного образца – кафедрального храма Казанской епархии – Благовещенского собора. Как справедливо указывали некоторые исследователи, Благовещенский собор был построен псковичами по образцу Успенского собора Московского Кремля: шестистолпный план, пятиглавие, круглые столбы и крестовые своды.