4 октября 1595 г., при архимандрите Арсении, мощи обоих святителей были обретены нетленными. Впоследствии мощи основателя находились в южном приделе Преображенского собора. Е.М. Лебедев относил начало устройства Казанского монастыря к 1557 г., когда в крае закончились боевые действия. В мае 1557 г. казанский воевода Пётр Иванович Шуйский начал массовую раздачу опустевших в ходе войны земель новым владельцам. Обитель получила обширные земельные владения в окрестностях Казани, на которых были основаны сёла и деревни. В грамоте от 22 сентября 1562 г., выданной царём Иваном IV по челобитной архимандрита Варсонофия князю Юрию Ивановичу Темнику Ростовскому, обители отводился «служной двор» и сенные покосы «против Казачьяго острова». Грамотой царя Фёдора Ивановича от 15 июня 1585 г. Казанскому монастырю передавалась дача Подсека. Монастырю принадлежали городские слободы Плетени (Борисоглебское) и Поповка (конфискованы после Соборного уложения 1649 г.), сёла и деревни: Большая и Малая Клыки, Девликеево (Введенское), Борисково, Салмачи (ныне в черте Казани), Бима, Каипы, Егорьево (Богоявленское; ныне в Лаишевском районе), Богородское, Гильдеево (ныне в Пестречинском районе). В начале XVII в. обители были переданы земли на левом берегу реки Волги, ниже устья реки Камы, туда вошла и территория древнего города Болгара (в 1722 г. император Пётр I в сопровождении Казанского архиепископа Тихона посетил древнее городище и вскоре повелел создать здесь самостоятельный Болгарский Успенский монастырь). В первой половине XVII в. к Казанскому монастырю был приписан небольшой Прилуцкий монастырь (так называемый Стекольный скит), к концу того же века упразднённый из-за приверженности братии старым обрядам. Место, где находилась эта обитель, почиталось казанскими старообрядцами (к 2012 г. сохранился двухъэтажный корпус бывшего Стекольного скита, ныне в центре города Казани). В 1723 г. по ходатайству судьи духовных дел Казанской митрополии настоятеля Казанского монастыря архимандрита Ионы (Сальникова или Сальникеева) обители дозволялось сдавать принадлежащие ей мельницы и рыбные ловли в оброчное пользование монастырским крестьянам. С конца XVI в. многие частные лица жертвовали Казанскому монастырю в Казани лавки, погреба в большом, гостином, шапошном, рукавишном, сапожном, соляном, пушном, рыбном, медовом, сыромятном, мучном, мясном, серебряном, ветошном, крашеном рядах города, а также кузницы, амбары (в том числе у Тайницких ворот). Грамотами царя Ивана IV 1558 и 1579 гг. монастырю разрешались рыбные и «бобровые» ловли на речках Кишкиль и Ишим, а также давалось «право плавания с судном» в Астрахань: «...И класть в то судно соли или рыбы и плыть до Казани и Нижнего Новгорода, где, продав соль и рыбу, покупать про монастырский обиход ряхлять беспошлинно». В 1608 г. царь Василий Иванович Шуйский пожаловал Казанскому монастырю право «ходить одинова в год судном в Астрахань и класть по 20 тысяч пуд соли или рыбы»; царь Михаил Фёдорович разрешил монастырю владеть мостом и перевозом через реку Мёшу близ монастырской деревни Бима, а также дозволил беспошлинно ввозить в Москву 10 возов рыбы.