Как следствие особого положения церкви в Византийской империи в эпоху Юстиниана возникает такой тип законодательных сборников, как «Номоканон» (греч. «номос» – «закон»). В них совмещались законы о церкви, изданные императорами, и собственно церковные правила – каноны (буквально – «строительная линейка»). Византийские номоканоны, т.е. сборники, содержащие церковные каноны и императорские постановления, положили начало церковному праву и в России, на основе чего была составлена так называемая «Кормчая книга». Церковь обычно сравнивают с кораблём, пребывающие на котором не гибнут в житейском море. Но как кораблю нужен кормчий, который направлял бы его путь, так и церкви, пребывающей в мире, нужно водительство, управление, регулирование её жизни. Организацию церковной жизни в целом (правила созыва Соборов, выборов епископов или священников и т.д.), жизнь каждого христианина (условия и правила приёма в церковь, церковного брака, погребения и т.д.) регулируют каноны; они также описывают наказания за церковные преступления. Среди канонов есть такие, которые действовали во все времена (например, запрет рукополагать женщин в священники), и такие, действие которых связано с конкретной исторической ситуацией (например, каноны, определяющие возраст для пострижения в монашество или рукоположения). Политику использования церкви Юстиниан обобщил и систематизировал для достижения своих целей. Чины церковной иерархии получили у него много прав и преимуществ. В частности, епископам было поручено не только руководство делами благотворительности. Они должны были также исправлять злоупотребления в светской администрации и в суде. Иногда епископы могли пересмотреть дело сами, иногда вступали в соглашение с должностным лицом, на которое заявлялась претензия, иногда доводили дело до сведения самого императора. Клирики были изъяты из подчинения обыкновенным судам; священников судили епископы, епископов – Соборы, в особых случаях – сам император. После возвращения Италии Юстиниан признал папу Римского первым лицом в церкви, а Константинопольского патриарха – вторым. Он брал под свой высший контроль не только церковное управление и действия духовенства, но и религиозную жизнь подданных. Его Кодекс начинается с особой главы «О Святой Троице и кафолической вере». Упоминание об обязательности для всех Никейского символа веры встречается в нём несколько раз, рядом с хвалой Риму («главе всех церквей») за неуклонное правоверие и анафемой против еретиков. Особенно сурово Юстиниан гнал манихеев на Востоке и донатистов (см. Донатисты) на Западе. После самарийского восстания (529 г.) подвергались притеснениям и евреи. Одной из главных забот императора было воссоединение с церковью многочисленных монофизитов (см. Монофизиты), живших в Византийской империи, а также стремление основать на религиозном единстве единство гражданское и государственное. Первоначально Юстиниан монофизитов преследовал лишь потому, что видел в них главную ересь эпохи (несмотря на их большое количество и открытую поддержку со стороны императрицы Феодоры) для установления безусловного единства веры в своей единой империи. Однако в дальнейшем (может быть, убедившись в их большой численности и силе, а, может быть, под влиянием жены) он старался прекратить несогласия с ними путём уступок. Так, например, был смещён императором папа Римский Сильверий, противящийся соглашению. Этот факт характерен для определения отношений Юстиниана к Риму: он уступал Риму первенство в церковной иерархии, но не отвергал мысли о неподчинении папы императору. Другой папа Римский (Вигилий) за упорство подвергся репрессии и покорился. Ещё при своём вступлении на престол Юстиниан издал эдикт с изложением соборного исповедания христианской веры, включая учение о Святой Троице, Иисусе Христе как Богочеловеке, Деве Марии как Богородице, а также с анафематствованием учений Константинопольского архиепископа Нестория (428–431 гг.), Константинопольского пресвитера и архимандрита Евтихия (около 370–454 гг.) и Аполлинария Лаодикийского (около 310 – около 390 гг.). Представленное в указе вероисповедание объявлялось единственно истинным и обязательным для всех подданных, а вероисповедное разномыслие подлежало преследованию со стороны государственной власти (в 529 г. данный указ был включён в книгу «Кодекса Юстиниана», закрепив тем самым за императором заботу о насаждении единого для всех богопочитания в единой империи).