В разделе «Хронология чернеговских архимандритов Пресвятои Богородици Елецкои» в сочинении «Скарбница потребная и пожитечная всему свету Пресвятая Богородица Елецкая з великими скарбами, з чудами своими…» Иоанникий пишет о том, что он стал первым православным настоятелем Елецкого монастыря, после того как обителью управляли отступники от православия в унию Кирилл (Транквиллион-Ставровецкий), Мариан Оранский, Иосиф Мещерин, подчёркивая свою роль возобновителя православных традиций в обители. В качестве настоятеля Елецкого монастыря Иоанникий много сделал для благоустроения и укрепления материального положения обители, привлёк многих благотворителей. На пожертвования царя Алексея Михайловича, черниговских полковников Ивана Аврамовича, Василия Касперовича Дунина-Борковского, гетмана Ивана Самойловича Самойловича и др. в 1670–1674 гг. в обители был отремонтирован и заново освящён Успенский собор, построены церковь во имя апостолов Петра и Павла с трапезной, кельи, ограда. В письме от 1 января 1671 г. Артамону Сергеевичу Матвееву Иоанникий просил ходатайствовать перед царём о предоставлении ему 100 руб. на публикацию книги «Мессия правдивый...» и на покрытие железом куполов Успенского собора. В письме Алексею Михайловичу от 4 июля 1672 г., представляющем панегирик царю, Иоанникий просил о помощи в устроении убранства Успенского собора. Как полагают исследователи, все просьбы архимандрита были выполнены. Гетман Д.И. Многогрешный трижды подтверждал имущественные права монастыря в 1669–1671 гг., в 1672 г. обитель получила такую же грамоту от гетмана И.С. Самойловича, а также подтвердительную грамоту на имения от царя. Восстановление Елецкого монастыря завершилось в 1679 г. 12 апреля 1686 г. из Москвы обители был прислан набор евхаристических сосудов. 21 декабря 1687 г. гетман Иван Степанович Мазепа универсалом утвердил за Елецким монастырём его владения. В 1670 гг. Иоанникий активно помогал архиепископу Лазарю в управлении Черниговской епархией и в создании ряда полемических сочинений, участвовал в церковной и общественной жизни. В августе 1669 г. встретил в Чернигове Александрийского патриарха Паисия, ехавшего из Москвы. В 1672 г. присутствовал при избрании гетмана И.С. Самойловича. В 1676 г. участвовал в решении спора между архиепископом Лазарем и протопопом Симеоном Адамовичем о церковных имениях. Подписался под приговором войскового суда 1677 г. о лишении Симеона Адамовича сана протопопа и о заключении его в монастырь за донос на гетмана И.С. Самойловича. Иоанникий вёл переписку с русскими правителями. Некоторые труды посвятил царям Алексею Михайловичу, Ивану и Петру Алексеевичам, царевне Софии Алексеевне, гетману И.С. Самойловичу. Иоанникий отказался в 1672 г. дать убежище брату гетмана Д.И. Многогрешного Василию. 4 декабря 1678 г. Иоанникий, как полагают исследователи, по просьбе русских властей, направил пространное письмо Юрию Богдановичу Хмельницкому. Ю.Б. Хмельницкий в 1662 г. принял монашеский постриг с именем Гедеон, получил титул «архимандрит жидичинский» (номинально являлся настоятелем жидичинского во имя Николая Чудотворца мужского монастыря). В монашеский период жизни Ю.Б. Хмельницкий был близко знаком с Иоанникием, который назвал в письме Ю.Б. Хмельницкого своим учеником, в 1663 г. Гедеон (Хмельницкий) присутствовал на диспуте Иоанникия с иезуитом Пекарским.