Исследователи полагают, что в Луцке он мог воспользоваться двумя богатыми книжными собраниями: при православном луцком Крестовоздвиженском братстве и при католическом епархиальном управлении, во главе которого стоял знакомый Иоанникию со времени диспута в Белой Церкви Луцкий и Брестский епископ Миколай Пражмовский. Исследователи полагают, что Волынь и Луцк (центр Волынского воеводства) Иоанникий мог посетить по пути из Подолья или Галичины в Литву. Осенью 1667 г. он предположительно находился в Минске: 18 октября 1667 г. датирован одобрительный отзыв на его книгу «Мессия правдивый...» игумена минского монастыря Иосифа (Ходоновича). В Слуцке Иоанникий побывал до октября 1668 г.: Лазарь (Баранович) в письме Симеону Полоцкому от 13 октября 1668 г. сообщает, что Иоанникий приехал к нему в Новгород-Северский после посещения наместника Киевского митрополита в Великом княжестве Литовском Феодосия (Василевича), которому Иоанникий также дал для прочтения свою книгу «Мессия правдивый...». Иоанникий рассказал архиепископу Лазарю о преследованиях православных в Великом княжестве Литовском и изложил содержание потерянных по дороге писем Феодосия. В Новгороде-Северском Иоанникий показал архиепископу Лазарю книгу «Мессия правдивый...» и 6 ноября 1668 г. получил одобрение сочинения. Иоанникий вернулся в Киев в конце 1668 г. или в начале 1669 г., после того как узнал, что в конце октября 1668 г. Мефодий (Филимонович), обвинённый в участии в антироссийском восстании под руководством гетмана Ивана Мартыновича Брюховецкого, был увезён в Москву. В упоминавшемся послании Иоанникия Алексею Михайловичу от 27 июля 1669 г. он писал: «Послыша, яко не обретается в Киеве о. Мефодий, в Киев-град паки возвратихся, желая под державою его царского пресветлаго величества, единого монарха благочестиваго, жити и умрети». Николай Фёдорович Сумцов считал, что во время странствий Иоанникий выполнял поручения Лазаря (Барановича), который был активным участником церковно-политических событий той эпохи. В частности, по мнению историка, в 1667 г. Иоанникий ездил в Литву, чтобы обсудить с местными шляхтичами возможность избрания на польский престол царевича Алексея Алексеевича. Вернувшись в Киев, Иоанникий вскоре вновь уехал из города вследствие того, что пост ректора Киево-Могилянской коллегии не позднее 1665 г. был отдан Варлааму (Ясинскому). В 1669 г. по приглашению Черниговского архиепископа Лазаря (Барановича), жившего в Новгороде-Северском, Иоанникий переехал в этот город. В том же году благодаря архиепископу Лазарю Иоанникий стал игуменом Елецкого Успенского монастыря в Чернигове. 12 февраля 1669 г. на раде в Глухове архиепископ Лазарь сообщил новоизбранному гетману Левобережной Украины Демьяну Игнатьевичу Многогрешному о своём намерении предоставить Иоанникию Черниговскую архимандритию, но гетман отнёсся к этому плану «как-то глухо». По мнению исследователей, причиной недовольства гетмана могли быть добрые отношения Иоанникия с правобережным духовенством и с антироссийски настроенным Киевским митрополитом Иосифом (Нелюбовичем-Тукальским), который 5 марта 1669 г. написал одобрительный отзыв на книгу «Мессия правдивый...». Иоанникий был возведён в сан архимандрита между 14 апреля и 24 июня 1669 г.: в письме от 14 апреля Лазарь (Баранович) просил Иоанникия не подписываться под книгой «Мессия правдивый...» как архимандрит, поскольку «доколе Вы не будете посвящены, то наименование это будет голословное»; в письме от 24 июня архиепископ Лазарь обращается к Иоанникию уже как к архимандриту.