Униатский митрополит Киприан Жоховский в трактате «Люблинская беседа между согласными и несогласными братьями русского народа» (Львов, 1680 г.) писал, что Лазарь (Баранович) служил настоятелем одновременно Купятицкого и Дзенцоловского (как полагают исследователи, Дятловичского) монастырей. Подвергаясь преследованиям от униатов, Лазарь, взяв монастырские ценности, «отправился на север». Исследователи полагают, что после отъезда Лазаря (Барановича) в Киев в 1650 г. Иоанникий занял место настоятеля Купятицкого монастыря. Иван Вагилевич и Р. Радишевский утверждают, что Иоанникий упоминается в 1652 г. как игумен монастыря. Важным доказательством тесной связи Иоанникия с Купятицким монастырём является несохранившаяся книга «Чудеса Богородицы Купятицкой, описанные Иоанникием (Галятовским)», ссылка на которую содержится в сочинении Иоанникия «Небо новое...». По мнению исследователей, сборник «Чудеса Богородицы Купятицкой, описанные Иоанникием (Галятовским)» являлся пересказом сочинения игумена Илариона (Денисовича) «Описание святых чудес образа Пречистой Богородицы в монастыре Купятицком» (Киев, 1636 г.; игумен Иларион в 1629–1644 гг. был настоятелем новооснованной Купятицкой обители). Подробно история чудотворной Купятицкой иконы Божьей Матери описана также в книге Иоанникия «Небо новое...», равно как и предание, связанное с другой белорусской святыней – Жировицкой иконой Божьей Матери. Иоанникий вернулся в Киев, как полагают исследователи, на рубеже 1655 и 1656 гг., в 1657/1658 гг. преподавал в коллегии, в классе риторики. Среди его учеников исследователи называют Дмитрия Саввича (Туптало), Павла (Моравского; впоследствии митрополит Рязанский и Муромский) и Юрия Богдановича Хмельницкого. Около 1658 – 1665 гг. Иоанникий был ректором Киево-Могилянской коллегии и игуменом Киево-Братского монастыря (был назначен при содействии Лазаря (Барановича) и киевского полковника Василия Фёдоровича Дворецкого). Точно датировать время руководства Иоанникием Киево-Могилянской коллегией исследователи не могут. Нижняя граница – это конец 1658 – начало 1659 гг., когда Иоанникий в качестве ректора коллегии и игумена Киево-Братского монастыря занимался ликвидацией последствий пожара, в котором сгорели монастырские и училищные корпуса. Благодаря ходатайствам Иоанникия киевский полковник В.Ф. Дворецкий универсалом от 3 мая 1659 г. восстановил сгоревшие грамоты на владения Киево-Братского монастыря. 31 декабря 1659 г. по просьбе Иоанникия царь Алексей Михайлович дал жалованную грамоту на ремонт и строительство монашеских и учебных корпусов, Киево-Братскому монастырю были пожалованы местечко Саворово и село Мухоеды (село Мухоеды принадлежало обители ещё по универсалу Богдана Хмельницкого 1656 г.), той же грамотой за монастырём были закреплены имения Плисецкое (Плесецкое) и Черногородка. В годы ректорства Иоанникия в коллегии преподавали Иннокентий (Гизель) и Антоний (Радивиловский). Иоанникий, будучи ректором, продолжал вести курс риторики. В 1662 г. по его инициативе в новую академическую церковь была внесена чудотворная Киево-Братская икона Божьей Матери. В ноябре 1663 г., когда польские войска заняли Правобережную Украину, Иоанникий вместе с несколькими православными иерархами (Перемышльским епископом Антонием (Винницким), Львовским епископом Афанасием (Желиборским) и др.) был приглашён канцлером (впоследствии примас Польши) Миколаем Пражмовским в Белую Церковь, где находилась ставка короля. Там состоялся диспут о примате папы Римского между придворным проповедником и секретарём короля Яна Казимира иезуитом Адрианом Пекарским (Пикарским) и Иоанникием.