Будучи в плену в Турции, Ю.Б Хмельницкий сложил с себя монашеский сан, сражался на стороне турецкого войска во время Чигиринских походов русских полков в 1677–1678 гг.; в 1678–1681 и 1684–1685 гг. управлял Правобережной Украиной, оккупированной Турцией, как вассал султана. В письме Иоанникий от своего имени и от имени гетмана И.С. Самойловича призывал Ю.Б. Хмельницкого «с бусурманами приятства не мати, против православных не воевать», предлагал вернуться к иноческому служению и перейти на сторону «православного государя». Иоанникий сурово осудил бывшего ученика за отказ от иноческих обетов и привёл сказание о некоем Геброне из Франции, который оставил монашество и попал в ад. Письмо Иоанникия исследователи рассматривают в контексте мер, принимавшихся русским правительством для предотвращения нашествия султана и крымского хана на Украину. С этой целью в декабре 1678 г. из Москвы в Константинополь было отправлено посольство с предложением султану восстановить дружественные отношения с Россией. Помимо царской грамоты посол вёз грамоту патриарха Московского и всея Руси Иоакима (Савёлова) муфтию с призывом удержать султана от войны, патриарх просил муфтия о предотвращении «ратей, начинающихся неправдою за причиною богомерзкого законопреступника Юраски Хмельницкого». Архиепископ Лазарь (Баранович) рассматривал Иоанникия в качестве наиболее вероятного своего преемника на Черниговской кафедре, но Иоанникий скончался раньше своего покровителя. Как утверждал польский иезуит Теофил Рутка, лично знавший Иоанникия, кончина елецкого архимандрита была скоропостижной («Голят (Голиаф), своим мечом поражённый, то есть Иоанникий (Галятовский), против исхождения Духа Святого от Сына и Церкви Римской писавший, Теофилом Руткой, богословом Общества Иисуса, опровергнутый»). Иоанникий был похоронен в Успенском соборе Елецкого монастыря. Он был автором 16 гомилетических, агиографических и полемических сочинений, из которых восемь написаны по-польски, книга «Мессия правдивый...» издана на польском языке и на простой мове, остальные труды написаны на простой мове, которую Иоанникий в предисловии к книге «Мессия правдивый...» называет «малороссийским языком». Исследователи писали о зависимости произведений Иоанникия от современных автору католических и протестантских сочинений. Отмечая определяющее влияние католических трудов на православного писателя, Иван Иванович Огиенко (в монашестве Иларион) утверждал, что сильной стороной сочинений православного автора было внимание к местным преданиям и сказаниям, к церковно-историческим вопросам. В трактатах Иоанникия отразились многие современные ему события, в частности, освободительная война 1648–1654 гг. под предводительством Богдана Хмельницкого, упоминаемая у Иоанникия как «война домовая» (гражданская). Игорь Петрович Ерёмин писал о том, что проповеди Иоанникия являются одним из наиболее выдающихся памятников литературы в стиле барокко, образцами ораторской прозы. Труды Иоанникия по гомилетике оказали значительное влияние на творчество последующих проповедников – Симеона Полоцкого, Феофана (Прокоповича) и др.