В послании в Москву от 29 июля архиепископ Лазарь просил подтвердить для Иоанникия сан архимандрита. 27 июля того же года Иоанникий также написал письмо Алексею Михайловичу, сделав это, скорее всего, по совету Лазаря (Барановича). Письмо носило оправдательный характер: чтобы снискать царскую милость, Иоанникий должен был объяснить, почему он самовольно покинул Киев и во время польско-русского вооружённого конфликта находился на Правобережье. Письмо Иоанникий подписал уже как архимандрит, и это противоречие в Москве было замечено, хотя и не повлекло за собой каких-либо последствий. Грамота царя Алексея Михайловича о прощении вины Иоанникию и о подтверждении его сана датирована 10 августа 1669 г. Для подтверждения прав монастыря на земельные владения и для получения средств на ремонт обители Иоанникий осенью 1670 г. побывал в Москве. Поездка состоялась по совету Лазаря (Барановича), который дал елецкому архимандриту рекомендательные письма (Иоанникий также привёз в русскую столицу письма от гетмана Д.И. Многогрешного). В предисловии к книге «Stary Kościół...» Иоанникий писал: «К его величеству царю Алексею Михайловичу он (архиепископ Лазарь) рекомендательные письма писал, и в Москву посылал, и большую мне милость у его царского величества своими писаниями снискал». Иоанникий выехал в Москву 14 сентября 1670 г., прибыл 25 сентября, 3 октября был принят Алексеем Михайловичем, произнёс в его честь приветственную речь и поднёс царю и царевичам экземпляры своего сочинения «Мессия правдивый...». Ранее Иоанникий подал в Малороссийский приказ челобитные, в которых просил подтвердить возведение его в сан архимандрита и полученные от гетмана Д.И. Многогрешного универсалы на монастырские владения, а также пожаловать для Елецкого монастыря строительные материалы, деньги, богослужебную утварь и книги. Помимо подтверждения грамот на монастырскую собственность Иоанникий получил значительные денежные средства, облачения, воск, ладан, церковное вино и богослужебные книги. 9 октября Иоанникий участвовал в богослужении в церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Кремле и произнёс в присутствии Алексея Михайловича проповедь. В Москве уже имели представление о проповедническом мастерстве Иоанникия – его книга «Ключ разумения...» в 1669 г. была переведена на церковнославянский язык. Рукопись приветственной речи Иоанникия царю и проповеди была помещена по приказу Алексея Михайловича в богатый переплёт, тексты распространялись по Москве в списках. И речь, и проповедь были составлены на основе фрагментов сочинения «Ключ разумения...», переведённых на церковнославянский язык. Исследователи считают, что при создании речей Иоанникий прибегал к помощи живших в Москве выходцев из Западнорусской митрополии (Иоанникий состоял в переписке с Симеоном Полоцким и Епифанием Славинецким). Впрочем, Дмитрий Михайлович Буланин не исключает, что Иоанникий сам мог написать церковнославянские тексты. 10 октября Иоанникий был «на отпуске» у царя и получил богатые дары, 12 октября получил благословение патриарха. Свидетельством благоприятного впечатления, произведённого им на русские власти, был тот факт, что вместе с Иоанникием из Москвы был отпущен находившийся здесь в заточении семь лет игумен Лубенского монастыря Виктор (Загоровский), об освобождении которого неоднократно хлопотал Лазарь (Баранович).