Однако при сравнении главы 11, где идёт речь о Благовещении, с каноническими текстами для исследователей становится очевидным, что автор довольно свободно использовал материал Евангелий и органично включил его в свой текст. «Протоевангелие Иакова» содержит больше всего аллюзий на Евангелие от Луки, используется и ряд ветхозаветных текстов (Быт. 5:13; 14:3, 8; 21:6–7; Исх. 21:2–22:2; Лев. 11:9; Числ. 5:1–31; 18:7 сл.; 20:3–4; Суд. 13; Руфь. 4:8; 1 Цар. 1; 2; 4:14; 16:14; Тов. 2:1, 11–14; Иф. 5:10; 8:6; 39:6–7; Ис. 54:1–3; 66:7; Иез. 26:15; Дан. 1:3; 7:7, 9; 13:1, 7; 16:8). При этом некоторые библейские герои в «Протоевангелии Иакова» изображены иначе, чем в Евангелиях. Так, согласно «Протоевангелию Иакова», в Ветхом Завете возвещается не Рождество Спасителя, а рождение Девы Марии. Она происходит из рода Давидова, Её посещают и питают ангелы. Народ Израиля любит Пресвятую Деву, а священники Иерусалимского храма помогает Ей, они заботятся о храме и вере, стремятся к исполнению воли Божьей. Текст «Протоевангелия Иакова» в научных изданиях делится на 25 глав (деление введено одним из издателей апокрифов – И.А. Фабрицием в начале XVII в.). Выделяются несколько основных разделов: повествование об Иоакиме и Анне, о рождении и детстве Девы Марии, об избрании Иосифа, о Благовещении, о Рождестве Спасителя и чуде с повитухой и Саломией, о мученичестве первосвященника Захарии. Вся история рассказывается от третьего лица, только видение Иосифа и финал «Протоевангелия Иакова» – от первого лица. Повествование начинается с истории об очень богатом человеке Иоакиме и о его жене Анне, которая была бесплодной. Во время иудейского праздника Иоакиму запрещают приносить дары, поскольку он «не создал потомства Израилю». Тогда Иоаким решает удалиться в пустыню на сорок дней и сорок ночей для поста и молитвы. Анна плачет, а затем отправляется в сад для молитвы. Во время молитвы ей является ангел Господень, который возвещает о рождении дитяти, которое Анна обещает посвятить Господу. Иоаким также получает откровение от ангелов о рождении ребёнка и возвращается домой. Анна с радостью выбегает ему навстречу. Через девять месяцев у Анны рождается дочь, которую называют Марией. Для Неё в спальне устраивают особое место, куда запрещено вносить что-либо нечистое. За Марией ухаживают непорочные девы. Когда ребёнку исполняется год, Иоаким устраивает большой пир, на котором священники благословляют Марию. Во исполнение своего обета родители отдают трёхлетнее дитя на воспитание в храм. Когда Мария поднимается по ступеням храма, первосвященник благословляет Её и сажает на третьей ступени у жертвенника. Тогда на Марию нисходит благодать. До 12 лет Она росла при храме, и ангелы питали Её. Когда же Она достигла брачного возраста, первосвященник Захария по решению других священников отправился молиться в Святое Святых. Ему явился ангел, который сказал, что из народа израильского должен быть избран вдовец, который будет заботиться о Марии, сохраняя Её девство. Вдовец был избран благодаря знамению: из его посоха вылетела голубка. Им оказался Иосиф, у которого были сыновья и который был очень стар. Сначала он стал отказываться, но после напоминания о наказании тех, кто противятся воле Божьей, взял Марию к себе.