В двух колофонах Ирмология 1309 г., выполненного дочерью «святогорца и каллиграфа Феодора» Ириной, содержится фраза «руки Иоанна Пападопула Кукузеля». По мнению исследователей, сохранившаяся рукопись является списком автографа Иоанна Кукузеля. Патроним Пападопул может свидетельствовать о том, что отец Иоанна Кукузеля был священником. Указание на его должность («маистор») впервые появляется в сборнике 1332 г. и повторяется в близкой по времени Аколуфии 1336 г. На основании этих сведений исследователи полагают, что к 1330 гг. Иоанн Кукузель был известным музыкантом и учителем пения. На миниатюре из «Пападики» (вторая половина XIV в.) Иоанн Кукузель и Ксен Коронис представлены как ученики Иоанна Глики; в некоторых рукописях Иоанн Глика назван «протопсалтом Святой Софии», что, по мнению исследователей, подтверждает факт обучения Иоанна Кукузеля в Константинополе. Ряд исследователей полагают, что Иоанн Кукузель умер до 1341 г., поскольку в ремарке писца Стихираря, датируемого этим годом, отмечено, что книга скопирована с автографа «древнего Кукузеля». В 1437 г. имя Иоанна Кукузеля упоминается в пространном колофоне Григория Буниса Алиата; из этого текста исследователи сделали вывод, что Иоанн Кукузель жил позже Михаила Ананеота и Иоанна Глики: «Песнопения написаны... Михаилом Анеотом, а украшены... Иоанном Гликой. Позже они написаны и маистором Иоанном Кукузелем, сокращены и уточнены...» Более точную последовательность византийских мелургов приводит Мануил Хрисаф (середина XV в.) в трактате «О теории искусства пения...», где Иоанн Кукузель занимает место после Михаила Ананеота, Иоанна Глики и Никифора Ифика. В колофоне рукописи, выполненной Мануилом Хрисафом, Иоанн Кукузель назван «блистательнейшим маиcтором благочестивого и царского клира» (середина XV в.). На основании указаний певческих рукописей учениками Иоанна Кукузеля считаются Димитрий Докиан (cм. «Введение в музыку» Кирилла Мармаринского, XVIII в. – Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе) и Георгий Контопетрис. Вопрос о времени жизни Иоанна Кукузеля одним из первых изучал епископ Порфирий (Успенский). На основе рукописных колофонов он считал, что активная деятельность Иоанна Кукузеля в качестве мелурга относится к периоду между 1299 и 1332 гг. Он отметил, что в перечне известных мелургов в Стихираре Ватопедского монастыря 1299 г. имя Иоанна Кукузеля отсутствует, тогда как в 1332 г. он уже назван маистором. Епископ Порфирий предположил, что покровителем Иоанна Кукузеля был Андроник III Палеолог (1328–1341 гг.). Биографию Иоанна Кукузеля подробно исследовал Э. Уильямс, который, опираясь на косвенные данные, заключил, что преподобный родился около 1280 г. и обучался в грамматической школе при приюте св. Павла. Эта школа была предназначена для бедных юношей из провинции, стремившихся приобщиться к греческой культуре и сделать карьеру в Константинополе. Э. Уильямс указал на то, что в Житии Иоанн Кукузель представлен как человек, выросший в славянской среде, и, вероятно, был славянином по происхождению (исследователь предположил, что патроним Пападопул является переводом славянского Попович).