От постоянного участия в длительных службах у Иоанна Кукузеля начала гноиться рана на ноге, однако Богородица исцелила его. Предвидя кончину, он завещал похоронить себя в церкви св. Архангелов. В конце повествования Иоанн Кукузель назван «великим маистором и мелургом», «вторым Иоанном Дамаскином», агиограф подчёркивает покровительство, которое оказывала ему Богоматерь. Житие завершается риторическим эпилогом с рассуждениями о пользе почитания Иоанна Кукузеля и других святых. В агиографической традиции особое значение придавалось чудесам Богородицы в жизни Иоанна Кукузеля. Монах Агапий Ландос Критянин, составивший вторую редакцию Жития, включил её в сборник «Спасение грешников» (1641 г.), в третьей части которого содержатся рассказы о чудесах, совершённых Богородицей ради спасения грешников. Агапий существенно сократил текст первой редакции, вычеркнув из него подробности, казавшиеся ему излишними (упоминания о болгарском происхождении Иоанна Кукузеля и о встрече с матерью, о посещении Лавры императором и т.д.). Как полагают исследователи, во второй редакции отразились особенности афонского богослужения XVII в.: согласно первоначальному тексту, после сооружения кельи Иоанн Кукузель днём и ночью молился и пел в монастыре, тогда как Агапий утверждал, что в будние дни святой «исихаствовал» и только по воскресеньям и праздникам «не покидал правого хора Великой церкви». Повествование Агапия дополнено морализаторскими рассуждениями и оценками действий героев. Василию Григорьевичу Григоровичу-Барскому принадлежит сокращённый пересказ второй редакции Жития Иоанна Кукузеля на русском языке («Странствования по святым местам Востока с 1723 по 1747 г. СПб., 1887 г.). Схимник Азария (Попцов) включил в «Афонский патерик» (СПб., 1860 г.) версию жизнеописания Иоанна Кукузеля, составленную на основе второй редакции. Азария датировал деятельность преподобного эпохой династии Комнинов (XI–XII вв.). В XVII в. чудеса Пресвятой Богородицы из Жития Иоанна Кукузеля стали связывать с находящейся в Великой Лавре иконой Божьей Матери Кукузелиссы, к которой Иоанн Кукузель, по преданию, привесил полученную им монету. Об этой иконе упоминается в «Описании горы Афон» Иоанна Комнина (конец XVII в.). В середине XIX в. архимандрит Порфирий (Успенский) видел надпись на серебряном окладе иконы, в которой говорилось о чудесном явлении Богородицы «священному Кукузелю» и о даровании ему «златицы». Поскольку время составления первой редакции Жития исследователям неизвестно, достоверность изложенных в ней сведений они поставят под сомнение. В житийном повествовании отсутствуют сведения о времени жизни Иоанна Кукузеля и его певческой деятельности в Константинополе, агиограф не называет имён игумена Великой Лавры и императора – покровителя святого. Для выяснения достоверности агиографического предания Э. Уильямс использовал разрозненные упоминания об Иоанне Кукузеле в певческих рукописях, содержащие дополнительные сведения. В колофоне Ирмология 1302 г. автором этого сборника песнопений назван «Иоанн Пападопул по прозвищу Кукузель» (Российская национальная библиотека).