Ремарки этих книг свидетельствуют, что Иоанн Кукузель был их основным составителем. Многие «Аколуфии» включают руководство, предназначенное для изучения нотации, – «Пападики» Иоанна Кукузеля, или так называемый Большой исон. Это руководство было составлено Иоанном Кукузелем на основе похожей работы Иоанна Глики и представляет собой последовательность знаков нотации и формул с подтекстовкой из их названий. Также Иоанну Кукузелю приписывают различные диаграммы, демонстрирующие византийскую звукорядную и гласовую систему (например, схему «Колесо», иллюстрирующую относительные положения гласов в системе разделённых тетрахордов). В сочинениях Иоанна Кукузеля нашли отражение черты нового калофонического стиля: мелизматически развитый мелос, текстовые и мелодические вставки, расширение диапазона; в псалмовых циклах некоторые стихи дополнительно распеты, а мелос рефренов становится более пространным. Так, 103-й псалом вечерни в традиционном стиле представлял собой последовательность распетых стихов и рефрена в качестве короткой каденции к определённым стихам, в то время как рефрен, сочинённый Иоанном Кукузелем, имеет текстовые вставки и почти вдвое больше по объёму, чем стихи. Некоторые исследователи (например, Ж.Б. Тибо) приписывали Иоанну Кукузелю создание нового типа нотации, которая в отличие от средневизантийской нотации имела большее количество ипостасей, графически отражающих сложные мелодические формулы или передающих ритмические и динамические нюансы мелодии (в дополнение к знакам, означающим высоту). Однако эти знаки, которые записывались киноварью, появлялись постепенно с XII в. и в начале XIV в. уже были распространённым явлением в рукописных нотированных книгах, поэтому данный тип нотации, по мнению исследователей, точнее называть «неовизантийским» или «поздневизантийским». Исследователи полагают, что увеличение числа киноварных знаков, более подробно отражающих исполнительские нюансы, имело также дидактическую направленность; их введение связано с деятельностью великих дидаскалов, в том числе Иоанном Кукузелем. Почитание Иоанна Кукузеля, как полагают исследователи, стало распространяться с середины XVI в., однако в месяцеслов его имя было включено значительно позже. Архиепископ Филарет (Гумилёвский) относил память Иоанна Кукузеля (по мнению других исследователей, возможно, ошибочно) к 1 сентября, в «Афонском патерике» (1860 г.) указано 1 октября, на которое также приходится память преподобных Романа Сладкопевца и доместика Григория Гликиса. Исследователям известно последование Иоанна Кукузеля с каноном Богородице Кукузелиссе четвёртого гласа монаха Герасима Микраяннанита и с двумя канонами преподобному – четвёртого гласа А. Валлиндраса (издано: 1980 г.) и четвёртого плагального гласа Дионисия, паломника Великой Лавры. Ранняя иконография Иоанна Кукузеля представлена кроме упомянутой миниатюры из «Пападики» изображениями в рукописях. Известна также миниатюра из рукописи около 1670 г., на которой Иоанн Кукузель изображён рядом с Иоанном Дамаскином. Певческое наследие Иоанна Кукузеля является одним из самых обширных в византийской и поствизантийской традиции: в рукописях XIV–XIX вв. содержится большое количество его мелодических версий неизменяемых и изменяемых песнопений разных жанров.