Иоанну Кукузелю принадлежит мелос стихов прокимнов вечерни и утрени с эпифонимами: «Господь воцарися» (двухорный) и «Облечеся Господь в силу» на четвёртый плагальный глас (на вечерне), «Исповемся Тебе, Господи» на второй плагальный глас (на утрене; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе; Российская национальная библиотека). Из песнопений литургии Иоанна Кукузеля исследователям известны: «Приидите, поклонимся и припадём» (входное) на четвёртый плагальный глас (Российская национальная библиотека), Трисвятое воскресное на второй глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе); «Кресту Твоему покланяемся» на второй глас (с ремаркой «песненное трисвятое» – Российская национальная библиотека); аллилуиарии на первый плагальный глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе) и на второй плагальный глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе; Российская национальная библиотека), и на литургии Преждеосвящённых Даров «Ныне силы небесныя» на второй плагальный глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе); причастны – воскресный «Хвалите Господа» на первый плагальный глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), вторника и святым «В память вечную» на первый плагальный глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), среды и Богородице «Чашу спасения» на первый плагальный глас (Российская национальная библиотека), Недели ваий «Благословен грядый» на второй плагальный глас (анаграмматизм), на литургии Преждеосвящённых Даров «Вкусите и видите» на первый плагальный глас (два варианта; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе) и на второй плагальный глас (Российская национальная библиотека) и «Благословлю Господа» на второй плагальный глас Сохранилось значительное число изменяемых песнопений, распетых Иоанном Кукузелем. К ним исследователи относят, в частности, икосы Акафиста Пресвятой Богородицы (в славянской традиции меньшие строфы этого гимна называются кондаками) «Ангел предстатель» на первый плагальный глас, «Видящи Святая» на первый глас, «Разум недоразумеваемый разумети» на четвёртый глас (два варианта), «Сила Вышняго» на четвёртый глас с кратимой, «Бурю внутрь» на четвёртый глас, «Слышаша пастырие» на четвёртый глас (два варианта, первый – с кратимой), «Боготечную звезду» на четвёртый глас, «Хотящу Симеону» на четвёртый глас, «Странное Рождество видевше» на четвёртый глас, «Весь бе в нижних» на четвёртый глас, «Спасти хотя мир» на четвёртый глас, «Пение всякое побеждается» на первый плагальный глас, «О, Всепетая Мати» на четвёртый глас (два варианта) и кондак «Взбранной Воеводе» на четвёртый плагальный глас (два варианта, первый – Михаила Ананеота, «украшенный» Иоанном Кукузелем), «Взбранной Воеводе», (икосы Иоанна Глики со вставками Иоанна Кукузеля; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе; Российская национальная библиотека).