«Едина Дево и Мати» на первый глас (стихи молебные; Российская национальная библиотека, вторая половина XIV в.), «Облако лёгкое крестным древом» на четвёртый плагальный глас (крестобогородичен; Российская национальная библиотека), «Предстоящи Кресту» на четвёртый плагальный глас (крестобогородичен; Российская национальная библиотека), «Аще крест приемлеши» на первый глас (крестобогородичен; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), «Егда страсть ужасающую вольно приял еси» на четвёртый плагальный глас (крестобогородичен; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе). С именем Иоанна Кукузеля в некоторых рукописях помещается многолетие  на первый глас (1816–1819 гг.). Исследователям известны кратимы Иоанна Кукузеля на все гласы: на первый глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), в том числе для стихов полиелея «Очи имут» (конец XV в.) и «Слава:» (на первый глас), на второй глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), на третий глас для «Слава:» полиелея, на четвёртый глас (конец XV – начало XVI вв.; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), на четвёртый глас для икоса «Видящи Святая» Никифора Ифика, на четвёртый глас для икоса «Возсиявый во Египте» Иоанна Глики, на четвёртый глас для икоса «Всякое естество ангельское» Иоанна Цакнопула, на четвёртый глас для икосов «Ветия многовещанныя», «Светоприемную свещу» и «Поюще Твое Рождество» Иоанна Глики, на первый плагальный глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), на первый плагальный глас для икоса «Ангел предстатель» Михаила Ананеота (около 1750 г.), на второй плагальный глас (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе; Российская национальная библиотека, вторая половина XVI в.) и для стиха «Работайте» (Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе), на четвёртый плагальный глас (Российская национальная библиотека, вторая половина XVI в.), в том числе для стиха «Яко сосуды скудельничи» (Российская национальная библиотека; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе) и кратимы, «украшенные» Иоанном Кукузелем. Большой популярностью пользовались учебные песнопения Иоанна Кукузеля, прежде всего, так называемый Большой исон: «Исон, олигон, оксия и петасти» (с ремарками «знаки хирономии, поющиеся по гласам», «лучший метод Стихираря» и др.; Российская национальная библиотека, вторая половина XIV в.; Библиотека Академии Наук. Русский археологический институт в Константинополе). С именем Иоанна Кукузеля исследователи встречают и другие учебные песнопения: «Учебное песнопение, весьма полезное» на первый глас, метод метрофонии «Богослове девственниче, учениче» (на текст стихиры апостолу Иоанну Богослову; Российская национальная библиотека).