Тезис о «формальной» принадлежности Исаака Сирина к несторианской церкви был повторен Алексеем Ивановичем Сидоровым. Он выдвинул гипотезу о том, что Исаак Сирин мог принадлежать к прохалкидонскому течению внутри несторианской церкви. В монашеских кругах Церкви Востока с конца VI в. существовало течение, которое имело тенденцию к сближению или даже слиянию с православием халкидонского направления: к этому течению принадлежали, в частности, Хнана и Сахдона (Мартирий). Если Исаак Сирин также принадлежал к данному течению, его отречение от епископской кафедры можно истолковать как разрыв с Церковью Востока и тайный переход на халкидонские позиции. Эта гипотеза, предлагающая выход из противоречия между принадлежностью Исаака Сирина к Церкви Востока и его почитанием в православной церкви, не подтверждается ни одним заслуживающим доверия источником. Писания самого Исаака Сирина (где он повторяет анафемы Соборов рубежа VI и VII вв., созванных против Хнаны) свидетельствуют как раз об обратном: он предпочитал держаться официальной доктрины своей церкви и не симпатизировал оппозиционным течениям. Восточно-сирийские источники говорят то о пяти, то о семи «томах» сочинений Исаака Сирина, однако исследователям неизвестно, идёт ли речь о различном делении корпуса текстов, который дошёл до нас, или о каких-либо утраченных сочинениях Исаака Сирина. Оригинальный текст первого тома сочинений Исаака Сирина включает 82 Слова. Он сохранился в двух редакциях – восточной и западной. Первая редакция представлена в издании Беджана (далее: B) – единственном имеющемся издании сирийского текста, основанном на рукописи 1235 г. Вторая редакция отражена в нескольких рукописях, самая ранняя из которых датируется IX–X вв. Главные различия между редакциями: 1) восточная содержит многочисленные тексты и восьми Бесед, отсутствующих в западной; 2) западная содержит немногие тексты, отсутствующие в восточной; 3) восточная содержит цитаты из сочинений Феодора Мопсуестийского и Диодора Тарсийского: в западной эти тексты приписаны другим авторам. Восточная редакция отражает подлинный текст Исаака Сирина, тогда как западная является переработкой этого текста. В сирийском оригинале первый том творений Исаака Сирина известен под именем «Часть первая» (некоторые рукописи также содержат подзаголовок «о монашеской жизни»). В греческой и русской традициях первый том творений Исаака Сирина известен под названием «Слова подвижнические». Второй том вошёл в научный оборот лишь в конце XX в. О его существовании учёные знали со времени издания Беджана, который опубликовал фрагменты из него по тексту рукописи, впоследствии (в 1918 г.) утраченной. В 1983 г. Себастиан Брок обнаружил в оксфордской Бодлианской библиотеке другую рукопись, содержащую полный текст второго тома и датируемую X или XI в. Эта рукопись, происходящая из монастыря Мар-Авдишо, принадлежала раббану Ишо. Она была приобретена оксфордской Бодлианской библиотекой в 1898 г. у англиканского священника Яру М. Неесана, уроженца Урмийского региона.