При вступлении Паисия в должность настоятеля собор не был оштукатурен, имелись трещины в куполе и сводах, и во время дождей вода заливала храм. Братские кельи были тесны и ветхи, площадка скита мала (длина 17 м, ширина 12 м). Только притвор Ильинской церкви находился на территории скита, клиросы и алтарь уже выходили за ограду. Митрофаниевская и Благовещенская церкви также располагались за оградой. Северная часть Благовещенской церкви примыкала к трапезной, которая оставалась без потолка, а окна в ней без стёкол. Во время дождей вода лилась на столы. При иеросхимонахе Паисии были отремонтированы храмы, в Митрофаниевской церкви устроены мраморный пол, иконостас из икон, принадлежавших иеромонаху Аниките. С правой стороны престола поставлена икона Митрофана Воронежского, переданная иеромонахом Аникитой. В ноябре 1842 г. Митрофаниевский храм был освящён архиепископом Панкратием. Между Благовещенской и Митрофаниевской церквами в 1843 г. был построен братский корпус (на 15 келий) под единой крышей и над храмами, и над новым корпусом. К середине XIX в. скит пророка Илии перестраивался на пожертвования благотворителей (министра народного просвещения князя П.А. Ширинского-Шихматова, тульского купца М.Д. Сушкина, дяди схиархимандрита Макария (Сушкина), санкт-петербургского купца М.А. Вьюшина, Г.Е. Ворониной и др.), на средства, собранные в России. В северной части скита пророка Илии был возведён 2-этажный корпус (1846 г.) с трапезой, пекарней, кухней, винным погребом, кладовой, двумя архондариками и 18 кельями; с восточной и южной сторон – каменная ограда (1846 г.). За алтарём Митрофаниевской церкви воздвигнут 2-этажный корпус (1847 г.) с десятью кельями, канцелярией и просфорней. В 1848–1849 гг. в западной части скита были разобраны ветхие здания и выстроен 2-этажный корпус с 3-ярусной надвратной колокольней в 23 аршина (16,3 м); на нижнем этаже устроены хозяйственные помещения, на верхнем – архондарики и кельи. В конце 1850 гг. к западу от колокольни построен 2-этажный корпус с больницей, кельями для иноков, которые несли в ней послушание, для престарелых и немощных. В корпусе освящены два малых храма: во имя архангела Михаила и во имя святителя Николая Чудотворца. Купец М.А. Вьюшин украсил серебряными ризами четыре иконы соборного иконостаса, пожертвовал большой напрестольный серебряный крест; запрестольную Тихвинскую икону Божьей Матери (список чудотворной) в серебряном окладе со стразами; большое Евангелие в серебряном позолоченном окладе; большую серебряную дарохранительницу; серебряный с позолотой евхаристический набор; позолоченный иконостас для храма во имя архангела Михаила, который, однако, был установлен в Благовещенской церкви. Московские благотворители передали скиту паникадило, облачения на престолы, комплект архиерейского облачения, фелони и стихари, митры, плащаницу. Главным ктитором скита стал купец Н.В. Лепёшкин. С процентов от капитала скит имел доход, достаточный для покупки годового запаса хлеба.