В письме также сообщалось, что после смерти старых иеромонахов в скиту Илии пророка осталось только два–три священника преклонного возраста, а монастырь Пантократор категорически запрещал рукополагать новых иереев. Настоятель скита попросил иеромонахов Нифонта (из кельи Святой Троицы Хиландарского монастыря) и Неофита (из кельи Николая Чудотворца того же монастыря) организовать в своих кельях рукоположение илиинских насельников. В 1892 г. при поддержке российского посольства и Константинопольского патриарха Неофита VIII (1891–1894 гг.) было достигнуто примирение. Согласно омологии 1892 г., число братии не превышало 130 человек «со столькими же послушниками». Ежегодно илиинцы могли привозить 4 тыс. вязанок или 2 тыс. возов дров. Скит получил право на «расширение своих пределов» для новых построек, в том числе для собора, «рубить камни из желаемой каменоломни». Скит обязался выплатить монастырю расходы, понесённые за всё время спора (2 тыс. лир, т.е. 17,5 тыс. руб. ассигнациями). В российских дипломатических кругах принятие омологии было расценено как «благополучное решение вопроса». Следующим настоятелем скита Илии пророка и строителем собора стал архимандрит Гавриил Афонский. Скит был оборудован ирригационной системой и двумя цистернами. С 1894 по 1898 гг. в северной части скита был построен новый братский корпус с трапезой. Старый северный корпус и соборный храм были разобраны, закладной камень 1881 г. перенесён на новое место, близ первоначального. Закладку нового храма совершили 15 июня 1900 г. бывший Константинопольский патриарх Иоаким III, прибывший на Афон епископ Волоколамский Арсений (Стадницкий), настоятель скита архимандрит Гавриил в присутствии российского посла в Константинополе Ивана Алексеевича Зиновьева и эпитропа монастыря Пантократор архимандрита Феофила. Строительство завершилось в 1907 г., при новом настоятеле скита Илии пророка архимандрите Максиме (ум. в 1919 г.). 19 июля 1914 г. храм был освящён митрополитом Нилом в сослужении епископа Сократа и настоятелей почти всех русских афонских обителей; при Максиме число братии скита Илии пророка возросло до 400 человек. В период афонских споров об Имени Божьем (1909–1913 гг.) скитский схимник Хрисанф (Потапьев), упоминаемый настоятелем Паисием в духовном завещании 1871 г., по поручению духовника Пантелеимонова монастыря иеросхимонаха Агафодора (Буданова) в 1909 г. написал рецензию на книгу «На горах Кавказа». По мнению архиепископа Илариона (Алфеева), эта рецензия, написанная в резком тоне, привела к обострению споров об Имени Божьем и не способствовала мирному разрешению конфликта. Но в целом эти споры скит Илии пророка практически не затронули. Российская дипломатия боролась за присвоение скиту Илии пророка и Андреевскому скиту статуса монастырей. Усилиями графа Николая Павловича Игнатьева в Сан-Стефанском договоре 1878 г. предусматривался особый, 22-й пункт, по которому оба скита могли стать монастырями, равноправными с другими двадцатью обителями Афона. После занятия греческими войсками Афона (1912 г.) русские насельники написали письмо Лондонской конференции послов, в котором среди прочего настоятельно просили «возвести русские Андреевский и Ильинский скиты в ранг монастырей, обеспечив их землёй и предоставив возможность построить пристань».