С 18 по 24 июня 1881 г. у берегов Афона находилась великая княгиня Александра Петровна со свитой, её пароход «Эриклик» остановился близ пристани Пантелеимонова монастыря. 19 июня иеромонах Товия с двумя иеромонахами прибыл с визитом на пароход, был представлен великой княгине пантелеимоновским игуменом Макарием (Сушкиным) и преподнёс ей икону пророка Илии. 22 июня 1881 г. в скиту пророка Илии представитель княгини Александры Петровны контр-адмирал Дмитрий Захарович Головачёв положил от её имени закладной камень в основание нового собора. При посредстве отцов Иеронима (Соломенцова) и Макария (Сушкина) в конце декабря 1881 г. проект нового собора был одобрен великой княгиней Александрой Петровной и утверждён Константинопольским патриархом Иоакимом III (1878–1884 гг.). 14 августа 1881 г. на Афон прибыл великий князь Константин Константинович. Вечером 16 августа 1881 г. он посетил скит, переночевал в нём и молился за утреней; 18 августа покинул Афон. С 1881 г., в период настоятельства Товии, отношения между монастырём Пантократор и скитом вновь обострились. Причину этого разъяснял Протат в письме каймакаму (уездному начальнику) Святой Горы от 7 февраля 1884 г.: «Скит… пожелал обновить свою церковь, как ветхую, и просил дозволения на это от кириархической обители Пантократора, а просил дозволения потому, что он есть подчинённый. Всё же скиты и келлии, как непосредственно зависимые от монастырей, когда желают возобновить или поправить свои церкви или другую какую-либо постройку, берут на это дозволение того монастыря, которому они подчинены… Монастырь Пантократор дал своё дозволение на возобновление ветхой церкви, но на старом основании и таких же размеров. Скит пророка Илии не принял этого условия, вот отсюда и началось между ним и обителью разногласие. При всём том скит против условий упомянутого документа (омологии) и решения Протата стал извлекать камни вне окружности скитской». Закладка нового собора встретила протест со стороны священноначалия Пантократора, которое потребовало у скита 500 лир за право строить храм, а получив отказ, заявило, что камень для строительства должен покупаться «на вес». Дипломатическая переписка тех лет свидетельствует, что в противостоянии греческих и русских насельников большую роль играла политика афинского правительства, на которую сильное влияние оказывала английская дипломатия. Константинопольский патриарх Иоаким III (1878–1884 гг.) поддерживал скитян, но его послания в Пантократор не возымели действия. Решением Протата от 21 июля 1883 г. строительство собора дозволялось в жёстких условиях: не использовать камня без разрешения монастыря и не сохранять временных построек для рабочих. В конце 1883 г. илиинцы, просившие российское посольство защитить их, обратились также в турецкий гражданский суд (это их действие не было одобрено послом Александром Ивановичем Нелидовым). Монастырь доказывал, что скит добывает камень для построек вне своей территории, а без разрешения монастыря подобные действия запрещены. Игумен Макарий в письме А.И. Нелидову от 20 апреля 1885 г. советовал илиинцам не доводить дело до кассационного суда и обратиться к патриарху, а вместо камня по его благословению использовать кирпич.