Считается, что иеромонах Парфений посещал Санкт-Петербург и встречался с императором Александром I. «Полагая, по простодушию своему, что турки навсегда водворились на Афоне и что возврат туда ему невозможен, отец Парфений решился вверенную ему святыню предложить Государю Императору, чтобы он определил её куда сам знает. Приложившись к Животворящему Древу и к святым мощам, Государь возвратил святыню старцу и при этом сказал: “Сохраняй это у себя. Бог даст, с турками скоро будет заключён мир, и тогда возвратишься на Афон в свой скит, для которого святыня эта драгоценна и необходима”». В 1830 г. иеромонах Парфений вернулся на Афон, в монастыре Пантократор встретил восемь монахов-молдаван из прежней братии. По благословению пантократорских проэстосов насельники восстановили скит. Паломники из России начали прибывать на Афон, некоторые принимали постриг. В основном в скит Илии пророка поступали малороссы (запорожцы), придунайские казаки, были среди братии также великороссы и молдаване. Кроме официального названия (скит святого пророка Илии), которое по святогорскому уставу зафиксировано на печати скита, признанной кириархическим монастырём, за скитом Илии пророка прочно закрепились наименования «русский», «малороссийский», а также «казачий». 7 июня 1835 г. на Афон прибыл иеромонах Аникита (Ширинский-Шихматов), остановился в греческом монастыре Ксиропотам, вскоре поселился в скит Илии пророка, в кельи Паисия (Величковского). Совершив паломничество на Святую землю, 9 мая 1836 г. вернулся на Афон и «в Русском монастыре начал, а довершил в русском скиту святого пророка Илии сорокадневное служение литургии по обету, данному у Гроба Господня». По его инициативе в юго-восточной части скита Илии пророка состоялась закладка храма во имя Митрофана Воронежского, которую возглавил греческий архиепископ Панкратий, пребывавший на покое. Иеромонах Аникита пожаловал скиту икону Митрофана Воронежского. Вскоре он был назначен настоятелем церкви при Русской миссии в Афинах и 3 августа 1836 г. уехал с Афона, оставив скитской братии значительную денежную сумму и поручив постройку храма схимнику Феодору. Иеромонах Сергий (Веснин) в письме Платону Александровичу Ширинскому-Шихматову от 24 апреля 1851 г. сообщал, что возведение храма Аникита поручил и своему послушнику Геронтию, следить за строительством просил скитского духовника иеросхимонаха Павла. Однако «нерадение и своекорыстие» братии, а также эпидемия чумы, поразившая насельников (в 1837 г. погибло более 20 человек), задержали строительство церкви. Считается, что эпидемия прекратилась после того, как в скит из монастыря Ксиропотам была принесена частица Животворящего Креста Господня. После всенощного бдения, водоосвящения и литии все постройки и имущество скита окропили святой водой. Согласно завещанию иеромонаха Аникиты (ум. в 1837 г.), его останки были привезены в скит пророка Илии и через некоторое время положены в нише южной стены Митрофаниевской церкви близ клироса, закрыты мраморной плитой с надписью на русском и греческом языках. Многие известные афонцы, в том числе иеросхимонах Сергий (Веснин), просили старцев скита открыть останки Аникиты.