В 1874 г. посетивший скит генерал Николай Васильевич Елагин рассказал, что в Санкт-Петербурге бывшего князя почитают как подвижника, и предложил открыть его захоронение. Останки Аникиты были извлечены и положены в храме открыто. После кончины иеромонаха Парфения (ум. в 1837 г.) настоятелем скита пророка Илии был избран уроженец России иеросхимонах Павел (ум. в 1840 г.). Деятельный подвижник, во время эпидемии чумы 1837 г. Павел единственный отказался от употребления дёгтя, чтобы регулярно служить литургию; пёк просфоры, причащал умиравших Святых Таин, отпевал скончавшихся. Став настоятелем, собрал до 40 человек братии, восстановил в скиту пророка Илии общежительный устав. 1837–1839 гг. были отмечены нестроениями в скиту, связанными с конфликтом выходцев из Малороссии с иноками-великороссами. Настоятель Павел был изгнан из обители малороссами во главе с монахом Саввой, впоследствии дважды возвращался и дважды изгонялся, последний раз – окончательно, причём со всеми насельниками-великороссами (более 30 человек). Философ Константин Николаевич Леонтьев (1831–1891 гг.) писал: «Демагогический дух казаков плохо уживался с неограниченною властью игуменов и духовников, которым так охотно подчиняются великороссы». Малороссы использовали клевету, чтобы обвинить великороссов, и, прежде всего, духовника русских святогорцев старца Арсения Афонского (1775–1846 гг.), в расколе. По ряду сведений, иеросхимонах Арсений после первого изгнания Павла некоторое время был настоятелем скита. Иеросхимонах Павел вместе с изгнанниками поселился в Карее, на квартире, а 21 ноября 1839 г. по приглашению пантелеимоновских старцев Герасима и Венедикта и по благословению старца Арсения перешёл с великорусской братией в Пантелеимонов монастырь, где скончался 2 августа 1840 г. Через три года по афонской традиции его «благодатные» останки были извлечены из могилы. В том же году открыли могилу и монаха Саввы, гонителя великороссов, «вытащили его всего целого и не предавшегося тлению, но весьма чёрного и смрадного». Настоятель Паисий ездил в Константинополь к патриарху, чтобы взять от него разрешительную грамоту. Вернувшись, созвал всех великороссов и греческого архиепископа Панкратия, жившего в Карее. «По литургии, опять откопали тело монаха Саввы, и все великороссияне говорили ему прощение, а архиерей прочитал патриаршую грамоту; и тело стало рассыпаться, и закопали его в землю. По малом времени посмотрели: и уже остались одни кости. Видевши сие, малороссияне испугались и затрепетали, и ходили к великороссиянам просить прощения». Позднее духовник Пантелеимонова монастыря иеросхимонах Иероним (Соломенцов) в письме схиархимонаху Макарию (Сушкину) назвал «несчастное “дело ильинское”» и его последствия «попущением Божиим для вразумления потомства». Во время нестроений конца 1830 гг. Пантократор отнял у скита пророка Илии особо важные документы: «Султанский фирман об освобождении братии от платежа харача... и от прочих денежных взысканий, а с ним данный в 1766 г. из Протата документ за подписью представителей всех 20 афонских монастырей о предоставлении братии скита полной свободы во всём и независимости»; «Условие», заключённое между монастырём Пантократор и старцем Афанасием в 1798 г., о выделении скиту из монастырской земли отдельного участка; царскую грамоту византийского императора Никифора II Фоки (от 10 сентября 964 г.), данную Успенскому ставропигиальному монастырю (Веретада), о пожертвовании императором в эту обитель части Древа Креста Господня; грамоту Константинопольского патриарха Иеремии от 9 июня 1809 г., выданную настоятелю Афанасию с братией скита в удостоверение того, что ими действительно были приобретены у Успенского монастыря часть Древа Креста Господня и частица мощей (левой стопы) апостола Андрея Первозванного.