Затем строителем скита Илии пророка стал монах Афанасий (Хаджи Афанасий), в миру служивший секретарём в русском посольстве в Константинополе. При нём 28 (по другим сведениям, 22) июня 1798 г. было заключено соглашение с проэстосами (соборными старцами) Пантократора, выгодное для братии скита. Монастырь Пантократор отнёсся к монаху Афанасию с полным доверием, как к «мужу добродетельному и практичному во внешнем управлении», «второму ктитору скита», о чём говорилось в новой омологии, выданной 22 июля 1798 г. взамен утерянной первоначальной, подписанной Паисием (Величковским). По новой омологии Афанасию предоставлялись большие права, разрешалось «возобновить скит и церковь», перестроить ветхие и построить новые кельи, «в каком месте ему понравится», предварительно испросив благословение монастыря. Кроме того, обитель выделила скиту участок земли с лесом размером 200 (по некоторым сведениям, 300) десятин. В 1806 г., при монахе Афанасии, завершилось строительство однокупольного крестообразного в плане храма во имя Илии пророка – длина 28 аршин (20 м), ширина 19 аршин (13,5 м), – были приобретены главнейшие святыни скита: частицы Древа Креста Господня и левой стопы апостола Андрея Первозванного, ранее находившиеся в греческом Успенском монастыре (Веретада). Многочисленные насельники уже не помещались в 16 кельях, построенных Паисием. Братия стала селиться по двое-трое вне скита, в местах, отведённых монастырём Пантократор. В скиту Илии пророка оставались только начальники, священно- и церковнослужители и монахи, исполнявшие важнейшие послушания. Жившие вне скита Илии пророка иноки по воскресным и праздничным дням приходили в скитский храм на соборное правило, обедали в общей трапезе, затем расходились по кельям. Средства для жизни скитяне получали из доходов от рыбной ловли на Дунае и от пожертвований Черноморского войска. Об этом свидетельствовала мраморная плита над церковными вратами с надписью: «Сей мраморный помост и порта устроены старанием схимонаха отца Иоанна Чернышова, подаянием же Российских ктиторов и благодетелей войска Черноморскаго, разных господ и честных казаков 1819 г. мая 21 дня». После монаха Афанасия скитом управлял иеросхимонах Спиридон, затем иеромонах Герасим (1816–1817 гг.) и иеросхимонах Парфений. С началом Греческого национально-освободительного восстания (1821–1829 гг.), когда турецкие войска оккупировали Афон, Парфений вместе со скитскими схимонахами Саввой и Дамианом тайно вывез в Россию частицу Древа Креста Господня, частицы мощей, церковные сосуды, ризницу, книги и другое церковное имущество. Настоятеля сопровождал его будущий преемник иеромонах Павел. После отъезда иеромонаха Парфения братия недолго оставалась в скиту. Притеснение турок и опасность нападения морских разбойников вынудили монахов оставить обитель и удалиться с Афона. Некоторые отправились в Россию, другие – в Молдавию, в скиту не осталось никого. До окончания восстания иеромонах Парфений со спутниками проживал в Екатерино-Лебяжской Николаевской пустыни.