В собственности монастырей, архиерейских домов и приходов сохранялись ненаселённые земли – огороды, луга, покосы, рыбные тони, лесные делянки, а также небольшие по размерам участки пашенной земли, которые могли обрабатывать насельники монастырей, приходские клирики и причётники, а также нанятые работники. В результате реформы церковные владения сократились на 8, 5 млн. десятин земли и около 1 млн. душ, следовательно, около 2 млн. крепостных крестьян обоего пола. Монастыри лишились почти 1,5 млн. руб. годового дохода (в пересчёте на современный курс примерно 15 млрд. руб.). Передача земельных владений церкви в государственную казну лишила монастыри главного материального источника существования. Казна обязалась содержать архиерейские дома и монастыри из части доходов, которые поступали от секуляризованной земли, однако в связи с инфляцией (денежное содержание назначалось в виде точной суммы в рублях и копейках, которая оставалась неизменной до императора Павла I Петровича) к концу царствования Екатерины II Коллегия экономии должна была выдавать на эти цели лишь седьмую часть средств, поступавших от секуляризованных имений – 188 тыс. руб. в год, остальное шло на государственные нужды. В ходе секуляризации епархии и монастыри были разделены на три класса, в зависимости от класса назначалось их содержание. Для монастырей вводились так называемые штаты, в которые вошло 226 монастырей (159 мужских и 67 женских) – менее четверти всех обителей, находившихся в великорусских епархиях, где проводилась секуляризация. Из монастырей, оставшихся за рамками штатов, больше 500 было упразднено, приблизительно 150 не закрывались, но должны были впредь существовать на приношения верующего народа и за счёт обработки небольших земельных наделов. На этот счёт в дополнение к Манифесту о секуляризации церковных земель 31 марта 1764 г. вышел «Высочайше утверждённый доклад учреждённой о церковных имениях Комиссии» «О безвотчинном и на своём содержании состоящих монастырях и пустынях» («Полное собрание законов Российской империи», том 16). В 1786 г. секуляризация была проведена в малороссийских епархиях, а два года спустя – на Слободской Украине, в результате чего закрылось ещё больше сорока монастырей. В 1841 г. аналогичная мера была осуществлена в белорусских епархиях, а в 1852 г. – в Закавказье. С этих пор в России не существовало больше населённых монастырских имений. Актом секуляризации церковные учреждения не были ограничены в приобретении городских и сельских строений, движимого имущества и накоплении денежных средств. Михаил Егорович Красножен выделял следующие способы приобретения движимого и недвижимого имущества церковными учреждениями Российской империи в последующий период: «1) отвод от казны некоторым церковным установлениям земель и угодий (монастырям от 100 до 150 десятин, а приходским церквам от 33 до 99 десятин); 2) получение временных пособий и штатных сумм на содержание церковных установлений из государственного казначейства; 3) пожертвование, причём пожертвования недвижимых имуществ подлежат следующим ограничениям: а) принятие их возможно только с Высочайшего соизволения; б) после удостоверения епархиального начальства в том, что жертвователь действительно является собственником жертвуемого имущества;