Исследователи считают, что Иоанн Экзарх обратился к жанру шестоднева, чтобы представить толкование библейского сотворения мира и утвердить христианские взгляды на мироустройство в болгарском обществе, в котором в тот период происходило зарождение христианской культуры. «Шестоднев» Иоанна Экзарха сыграл исключительную роль в формировании староболгарской и славянской культуры и книжного языка, идейно и тематически обогатил староболгарскую и в целом славянскую литературу, ввёл новый жанр. Как считал Дмитрий Сергеевич Лихачёв, по проблематике и богатству идей «Шестоднев» является одним из самых важных литературных памятников эпохи и «главным эстетическим кодексом» древних славянских литератур. Представив первую славянскую философскую понятийную систему, «Шестоднев» повлиял на зарождение философии и естествознания у болгар и других славян. «Шестоднев» сообщает интересные сведения по средневековой болгарской истории, например, о престолонаследии у болгар, о делении болгарского населения, о красоте княжеского дворца, облачений царя и аристократии и др. Сильное влияние «Шестоднев» оказал на литературу Руси, где он переписывался до ХIХ в. Оно просматривается в «Слове о законе и благодати» митрополита Илариона (ХI в.), в «Поучении» князя Владимира Мономаха (ХI–ХII вв.; поэтические образы мира), в «Слове о погибели русской земли» (ХIII в.; художественный метод создания «идеализирующего» пейзажа). Отрывки «Шестоднева» были включены в состав русской Толковой Палеи (ХIII в.), а отрывки природнонаучного характера получили распространение как самостоятельные статьи, например, в сборнике «Златая матица». Протопоп Аввакум Петров (ХVII в.), взявший «Шестоднев» с собой в заточение, использовал его как литературный образец для своих произведений и часто цитировал. Имена «Иоанн Пресвитер Екзарх» или «Иоанн Пресвитер Екзарх Болгарский» указываются в заголовках значительного числа учительных и похвальных Слов. Исследователи считают весьма вероятным, что, выполняя пастырские обязанности, Иоанн Экзарх написал большое число Слов, но задачу определения их авторства для исследователей затрудняют обильные заимствования из святоотеческих сочинений. К. Станчев предположил, что Слова, автором которых указан «Иоанн Пресвитер», могут принадлежать другому болгарскому книжнику Иоанну, переводчику Житий Антония Великого и мученика Панкратия Тавроменийского (см. Иоанн, болгарский пресвитер). После 1824 г., когда К.Ф. Калайдович опубликовал «Слово на Вознесение» по русскому списку ХVI в. (51 список, древнейший – в Успенском сборнике ХII–XIII вв.), Иоанну Экзарху были атрибутированы также следующие Слова: «Похвала Иоанну Богослову» (шесть списков, старший – в Германовом сборнике 1358–1359 гг.), «Первое слово на Рождество Христово» (92 списка, старший – в Ягичевом Златоусте ХIII–ХIV вв.), «Второе слово на Рождество Христово», «Слово на Богоявление» (десять списков, старший – в Ягичевом Златоусте ХIII–ХIV вв.), «Слово на Сретение» (десять списков, старший – там же), «Слово на Пасху» (восемь списков, ранние три южнославянских списка ХIV в.), «Слово на Вознесение», «Слово на Преображение» (67 списков, старший – в Михановича гомилиарии ХIII–XIV вв.).