Вопрос о статусе «экзарха» Иоанна Экзарха до сих пор не решён. Это вызвано, по мнению исследователей, как вариативностью значения этого титула во времена Византийской империи и в последующие периоды, так и отсутствием исторических сведений об Иоанне Экзархе, несмотря на его очевидно высокое положение в Болгарской церкви. Согласно девятому правилу четвёртого Вселенского собора, экзарх – главный митрополит большой церковной области, управляемой несколькими митрополитами с подчинёнными им епископами, вместе с этими митрополитами и епископами он составляет «окружной собор» (к которому могли обращаться с жалобами на митрополитов клирики и епископы). Исходя из этого определения и учитывая условия, в которых структурно формировалась Болгарская церковь, историки выдвигают разнообразные версии о том, какое именно значение вкладывалось в титул Иоанна Экзарха. Условно версии исследователи делят на три группы, в зависимости от того кому подчинялся экзарх. К первой группе исследователи относят версии, которые предполагают подчинение Болгарского экзарха Константинополю: посредник между Болгарской церковью и Константинопольским патриархом (Павел Йозеф Шафарик, Ю. Трифонов); наместник греческого митрополита в Болгарии (Алексей Иванович Соболевский); греческий наместник болгарских храмов и монастырей (Александр Васильевич Горский, Капитон Иванович Невоструев, архимандрит Панарет, М. Генов) или всей Болгарской церкви (Э. Георгиев). Версии второй группы исходят из того, что экзарх – это должность в Болгарской церкви: глава Болгарской церкви (В.С. Киселков); представитель Болгарского архиепископа, занимающийся устройством церкви, решением споров, в том числе дисциплинарных (Пётр Динеков, Боню Ангелов); архимандрит, «глава монашеского общежития», т.е. игумен одного из крупнейших болгарских монастырей (Иван Дуйчев); надзиратель за монастырями определённой области или государства в целом, подчиняющийся центральной или местной церковной власти (Куйо Куев); наместник церковного главы, церковно-юридический наставник княжества (К. Станчев). Отдельно стоит версия болгарского историка Т. Крыстанова, основанная на весьма вольной трактовке ряда источников и не получившая поддержки научного сообщества, о подчинении Иоанна Экзарха Риму. Согласно этой версии, в 866 г. Иоанн Экзарх был направлен на учёбу в Рим, где в 867–870 гг. встретился с Кириллом и Мефодием или с их учениками. В 878 г. в сане пресвитера был направлен папой Римским в Далмацию, после 879 г. в Риме получил титул экзарха (титул, аналогичный титулу «примас»), а по смерти архиепископа Мефодия стал его преемником на Моравской кафедре. После изгнания учеников славянских просветителей из Моравии перешёл в Преслав, где в 917 г. царём Симеоном был поставлен патриархом Болгарской церкви. В «Беседе против богомилов» болгарский писатель Козьма Пресвитер (середина – третья четверть Х в.) помимо святителей Григория Богослова, Василия Великого и Иоанна Златоуста призывает подражать и «новому пресвитеру Иоанну, который был пастырем и экзархом в болгарской земле».